หลังจากที่ พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรี ได้ลงนามในคำสั่งหัวหน้า คณะรักษาความสงบแห่งชาติ (คสช.) เลขที่ 57/2559 ในการปรับปรุงการบริหารเพื่อแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ โดยใช้ชื่อว่า “ผู้แทนพิเศษของรัฐบาล” โดยมีภารกิจทำหน้าที่ประสานงานระหว่างหน่วยปฏิบัติในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ และสื่อสารโดยตรงกับนายกรัฐมนตรีเพื่อลดขั้นตอนการปฏิบัติงานแก้ไขปัญหาที่ล่าช้า
โดยผู้แทนพิเศษของรัฐบาลมี 13 คน ประกอบด้วย
1. พล.อ.อุดมเดช สีตบุตร รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงกลาโหม เป็นหัวหน้า
2. พล.อ.สุรเชษฐ์ ชัยวงษ์ รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการ เป็นรองหัวหน้า
3. พล.อ.จำลอง คุณสงค์ อดีตรองแม่ทัพภาคที่ 4
4. พล.อ.ปราการ ชลยุทธ อดีตแม่ทัพภาคที่ 4
5. พล.อ.มณี จันทร์ทิพย์ อดีตรองแม่ทัพภาคที่ 4
6.พล.อ.สกล ชื่นตระกูล อดีตแม่ทัพภาคที่ 4
7. พล.อ.อักษรา เกิดผล อดีตเสนาธิการทหารบก
8. พล.อ.อุดมชัย ธรรมสาโรรัชต์ อดีตแม่ทัพภาคที่ 4
9. พล.ท.วิวรรธน์ ปฐมภาคย์ อดีตแม่ทัพภาคที่ 4
10. พล.ต.ท.ไพฑูรย์ ชูชัยยะ อดีตผู้บัญชาการศูนย์ปฏิบัติการตำรวจจังหวัดชายแดนภาคใต้
11. นายพรชาต บุนนาค อดีตรองเลขาธิการสภาความมั่นคงแห่งชาติ
12. นายจำนัล เหมือนดำ อดีตรองเลขาธิการศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ (ศอ.บต.)
13. นายภาณุ อุทัยรัตน์ อดีตเลขาธิการ ศอ.บต. เป็นเลขาธิการ ครม. ส่วนหน้า