ผู้สื่อข่าว "มติชนออนไลน์" รายงานเมื่อวันที่ 29 มีนาคมว่า เมื่อสัปดาห์ที่ผ่านมา คณะพนักงานสอบสวนคดีพิเศษ และพนักงานอัยการร่วมสอบสวน กรมสอบสวนคดีพิเศษ (ดีเอสไอ) ได้มีมติร่วมกันให้ดำเนินคดีอาญา และมีหนังสือเรียก บริษัท ฟิลลิปมอร์ริส ไทยแลนด์ ลิมิเต็ด ผู้นำเข้าบุหรี่ตรา "มาร์ลโบโร" (Marlboro) และ "แอลแอนด์เอ็ม" (L&M) มารับทราบข้อกล่าวหาในความผิดตาม พ.ร.บ.ศุลกากร มาตรา 27,99 ในวันที่ 9 เมษายน 2552 และพ.ต.อ.ทวี สอดส่อง อธิบดีกรมสอบสวนคดีพิเศษ ได้มีบันทึกถึง อธิบดีกรมศุลกากร และอธิบดีกรมสรรพสามิต ให้กำหนดราคาศุลกากร และประเมินภาษี ตาม พ.ร.บ.ศุลกากร มาตรา 11 ทวิ

คดีนี้ พนักงานสอบสวนคดีพิเศษ และพนักงานอัยการได้ร่วมกันสอบสวนมาตั้งแต่เดือน สิงหาคม 2549 โดยได้ตั้งผู้มีความรู้เชี่ยวชาญจากกรมจัดเก็บของกระทรวงการคลัง และพนักงานอัยการผู้มีความรู้เชี่ยวชาญด้านภาษี อาทิเช่น นายธนพิชญ์ มูลพฤกษ์ อธิบดีอัยการฝ่ายเศรษฐกิจ นายโกวิท เกิดศิริลักษณ์ อัยการอาวุโส นายวงศ์สกุล มีกิตติพรหมวงศ์ อัยการฝ่ายคดีพิเศษ 4 นายสมชัย อภิวัฒนาพร อดีตรองอธิบดีกรมสรรพสามิต นายวินัย วิทวัสการเวช อธิบดีกรมสรรพากร และที่ปรึกษาคดีพิเศษจากหน่วยงานในภาครัฐ และเอกชนทั้งในและต่างประเทศ

ผู้สื่อข่าวรายงานว่า ในการสืบสวนคดีนี้มีการเดินทางไปหาข้อเท็จจริงเกี่ยวกับราคาต้นทุนที่ประเทศต้นกำเนิด พบว่าผู้นำเข้ารายดังกล่าวมีพฤติการณ์น่าเชื่อว่า ไม่มีการค้าขายจริง เพราะบริษัทผู้ขายถือหุ้นในบริษัทผู้ซื้อ 100% คือเป็นบริษัทเดียวกัน อันเป็นการสำแดงราคานำเข้า (C.I.F) ต่ำกว่ามูลค่าอันแท้จริงโดยแยกการดำเนินคดีเป็น 2 ห้วงระยะเวลา คือ
 

คดีที่ 1 (คดีพิเศษที่ 8/2551) ระหว่างปี พ.ศ. 2544-กุมภาพันธ์ 2546 ซึ่งเป็นการนำเข้าจากประเทศอินโดนีเซีย ซึ่งอยู่ระหว่างรวบรวมเอกสารให้สมบูรณ์

คดีที่ 2 (คดีพิเศษที่ 79/2549) ระหว่าง เดือนกุมภาพันธ์ 2546-ธันวาคม 2549 จากการสอบสวนในคดีที่ 2 มีข้อเท็จจริงเพียงพอจึงได้ออกหนังสือเรียกผู้ถูกกล่าวหาดังกล่าว

ผู้สื่อข่าวรายงานว่า ในการสืบสวนดีเอสไอไดเปรียบเทียบราคานำเข้าบุหรี่ทั้งสองยี่ห้อของบริษัทฟิลิปมอริสฯ กับผู้นำเข้าอิสระ เช่น บริษัท คิงเพาเวอร์ พบว่า มีราคาแตกต่างกันมากประมาณ 3-4 เท่า เช่น แอลแอนด์เอ็ม ฟิลิปมอริสฯ สำแดงราคานำเข้าที่ซองละ 5.88 บาท คิงเพาเวอร์ นำเข้า 16.81 บาท, มาร์ลโบโร ฟิลิปมอริส นำเข้า 7.76 บาท คิงเพาเวอร์นำเข้า 27.46 บาท  มายด์ เซเว่น ฟิลิปมอริสฯ นำเข้า 10.19 บาท คิงเพาเวอร์ นำเข้า 24.59 บาท ซึ่งการสำแดงราคานำเข้าต่ำกว่าความเป็นจริงดังกล่าวทำให้รัฐได้ภาษียาสูบต่ำไปในช่วงมีนาคม 2546-ธันวาคม 2548 กว่า 60,000 ล้านบาท

(**ดูรายละเอียดในตาราง)

อย่างไรก็ตาม การที่บริษัท ฟิลิปมอริสฯ จะต้องเสียภาษีจำนวนเท่าใดต้องขึ้นอยู่กับการประเมินภาษีของกรมศุลกากรและกรมสรรพสามิตด้วย

สำหรับหนังสือที่ดีเอสไอทำถึงกรมศุลกากรและกรมสรรพสามิตนั้น มีสาระสำคัญคือจากการสืบสวนสอบสวนของคณะพนักงานสอบสวน ปรากฏว่าการนำเข้าบุหรี่ยี่ห้อมาร์ลโบโร (Marlboro) และบุหรี่ยี่ห้อแอลแอนด์เอ็ม (L&M) ของฟิลลิป มอร์ริส (ไทยแลนด์) ลิมิเต็ด ได้สำแดงราคาต่ำอย่างปรากฏชัดเจน จึงไม่น่าเป็นมูลค่าอันแท้จริงของบุหรี่ โดยการตรวจสอบเปรียบเทียบกับราคาของผู้นำเข้าบุหรี่รายอื่น ได้แก่ บริษัท อลิส อินเตอร์ จำกัด บริษัท การบินกรุงเทพฯ จำกัด และบริษัท คิงเพาเวอร์ อินเตอร์เนชั่นแนล จำกัด และราคาต้นทุนของบุหรี่จากแหล่งอื่นๆ ในกลุ่มประเทศอาเซียน

นอกจากนั้น จากการตรวจพิสูจน์ทางวิทยาศาสตร์โดยส่งตัวอย่างบุหรี่ไปทำการตรวจพิสูจน์พบว่าบุหรี่ที่นำเข้ามาจากประเทศฟิลิปปินส์ โดยฟิลลิป มอร์ริสฯ กับที่นำเข้ามาจากประเทศมาเลเซีย โดยบริษัท คิงเพาเวอร์ฯ ทั้งในเรื่องคุณภาพโดยรวม สัดส่วนและส่วนผสมวัตถุดิบมีความเหมือนกัน และรูปแบบโดยรวมของสารประกอบที่ระเหยได้ของบุหรี่ ไม่มีความแตกต่างกัน ซึ่งใบขนสินค้าขาเข้าบุหรี่ของบริษัทคิงเพาเวอร์ฯได้ใช้ใบรับรอง (แบบ ยส.3) ที่กรมควบคุมโรคออกให้แก่ฟิลลิป มอร์ริสฯ ประกอบการนำเข้าด้วยเช่นกัน

ขณะเดียวกันจากการตรวจสอบเอกสารทางการเงินของฟิลลิป มอร์ริสฯ พบว่ามีข้อพิรุธ หลายประการ อาทิเช่น หลักฐานการโอนเงินค่าใช้จ่ายต่างๆ ไปให้บุคคลหรือนิติบุคคลที่มีความสัมพันธ์กัน เป็นต้น และจากการตรวจสอบความสัมพันธ์กันระหว่างฟิลลิป มอร์ริส (ไทยแลนด์) ลิมิเต็ด ผู้นำเข้ากับฟิลลิป มอร์ริส ฟิลิปปินส์ แมนูแฟคเจอร์ริ่ง อิงค์ ผู้ขาย ปรากฏจากการที่เจ้าหน้าที่ของศุลกากรได้ตรวจค้นพบโครงสร้างราคาของฟิลลิป มอร์ริส (ไทยแลนด์) ลิมิเต็ด เมื่อวันที่ 3 มีนาคม 2542 และราคานำเข้าบุหรี่ได้ถูกใช้มาเป็นเวลานานหลายปี ทั้งๆ ที่วัตถุดิบที่ใช้ในการผลิตสินค้ามีการปรับราคาขึ้นทุกปี ซึ่งในเอกสารโครงสร้างราคามีการระบุไว้ว่าราคามีแนวโน้มเพิ่มขึ้น 3% ทุกปี แม้ว่าจะได้เปลี่ยนการนำเข้าไปยังประเทศฟิลิปปินส์แล้วก็ตาม แต่สินค้าที่ผลิตในกลุ่มประเทศอาเซียนจะมีราคาไม่แตกต่างกันมาก เพราะต้นทุนค่าแรงและวัตถุดิบไม่แตกต่างกัน
 

ดังนั้น ราคาศุลากรที่กรมศุลากรรับราคาอยู่ในขณะนี้จึงมิใช่ราคาตามมูลค่าอันแท้จริง เมื่อพิจารณา ความสัมพันธ์กันของผู้ซื้อกับผู้ขายน่าเชื่อได้ว่ามีผลต่อราคา โดยอาจไม่มีการซื้อขายสินค้ากันจริง จึงไม่อาจใช้ราคาศุลกากรตามวิธีที่ 1-6 ได้ เนื่องจากเป็นกรณีที่เห็นว่า ราคาสำแดงของบุหรี่ที่นำเข้ามีราคาต่ำอย่างปรากฏชัดเจนหรือไม่น่าจะเป็นมูลค่าอันแท้จริง เพื่อประโยชน์ในการสืบสวนสอบสวนคดีพิเศษ จึงขอให้อธิบดีกรมศุลกากรพิจารณาดำเนินการกำหนดราคาตามพระราชบัญญัติศุลกากร พ.ศ.2469 และขอให้กรมสรรพาสามิตดำเนินการจัดเก็บแสตมป์ยาสูบรายฟิลลิป มอร์ริส (ไทยแลนด์) ลิมิเต็ด ตาม พระราชบัญญัติยาสูบ พ.ศ. 2509 ซึ่งอยู่ในความรับผิดชอบของกรมสรรพสามิต