นายปยุตเกิดเมื่อวันที่ 1 เมษายน 2472 ที่จังหวัดประจวบคีรีขันธ์ และสำเร็จการศึกษาจากโรงเรียนเพาะช่าง ด้วยความที่หลงใหลในตัวการ์ตูนตั้งแต่วัยเด็ก ปยุตจึงมุ่งมั่นในการสร้างภาพยนตร์การ์ตูนอย่างต่อเนื่องตลอดชีวิต

ปยุตริเริ่มสร้างภาพยนตร์การ์ตูนเรื่องแรกของไทยชื่อ"เหตุมหัศจรรย์" ที่มีความยาว 12 นาที เมื่อปี 2498 จากนั้น เขาจึงได้รับทุนจากสำนักข่าวสารอเมริกันไปดูงานสร้างภาพยนตร์การ์ตูนที่ประเทศญี่ปุ่น

ต่อมา ปยุตสร้างภาพยนตร์การ์ตูนความยาว 20 นาที ขึ้นอีกสองเรื่อง ได้แก่ "หนุมานผจญภัย (ครั้งใหม่)" ในปี 2500 และ "เด็กกับหมี" ในปี 2503

นับตั้งแต่ปี 2519 ปยุตได้ลงมือสร้างภาพยนตร์การ์ตูนขนาดยาวเรื่องแรกของประเทศไทยคือ "สุดสาคร" โดยใช้เวลาอยู่กว่า 2 ปี หนังการ์ตูนประวัติศาสตร์เรื่องนี้จึงได้ออกฉายในปี 2522 อย่างไรก็ตาม ปยุตต้องสูญเสียดวงตาข้างซ้ายไปจากการตรากตรำทำงานหนักเพื่อสร้างสรรค์ผลงานชิ้นดังกล่าว

ในปี2535 ปยุตได้รับทุนสนับสนุนจากประเทศญี่ปุ่น ให้สร้างภาพยนตร์การ์ตูนเรื่อง "ชัยชนะของสาวน้อย"

นอกจากนั้น "นันทนา เงากระจ่าง" บุตรสาวและเป็นผู้ช่วยคนสำคัญในการสร้างภาพยนตร์การ์ตูนเรื่องสุดสาครของปยุต ยังเคยรับบทเป็น "เรียม" นางเอกในภาพยนตร์ไทยระดับตำนานเรื่อง "แผลเก่า" ของ "เชิด ทรงศรี"

เมื่อปี 2541 มูลนิธิหนังไทยได้เชิดชูเกียรติของปยุต ด้วยการตั้งชื่อรางวัลชนะเลิศในสาขาภาพยนตร์สั้นแอนิเมชั่นยอดเยี่ยมของเทศกาลหนังสั้นว่า "รางวัลปยุต เงากระจ่าง"

สำหรับพิธีรดน้ำศพนายปยุต เงากระจ่างจะมีขึ้นในวันที่ 31 พฤษภาคม เวลา 16.00 น. ส่วนพิธีฌาปนกิจศพจะมีขึ้นในวันที่ 5 มิถุนายน เวลา 16.30 น. ณ ศาลาฉัน วัดชลประทานรังสฤษดิ์