กรณีศาลปกครองสูงสุดมีคำพิพากษาให้เพิกถอนมติสภามหาวิทยาลัยราชภัฏ(มรภ.)กาญจนบุรี ในการประชุมครั้งที่ 11/2551 เมื่อวันที่ 30 พฤศจิกายน 2551 ที่แต่งตั้งนายปัญญา การพานิช ซึ่งมีอายุเกิน 60 ปี เป็นผู้รักษาการแทนอธิการบดีมรภ.กาญจนบุรี โดยวินิจฉัยว่าเป็นคำสั่งที่มิชอบด้วยกฎหมาย ซึ่งมีกระแสข่าวว่าในส่วนของมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้ง 2 แห่ง คือ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย(มจร) และมหาวิทยาลัยมหามกุฎราชวิทยาลัย (มมร) ได้รับผลกระทบด้วยนั้น
เมื่อวันที่ 18 กันยายน พระเมธีธรรมาจารย์ รองอธิการบดีฝ่ายแผนและพัฒนา มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย(มจร) กล่าวว่า กรณีมีกระแสข่าวว่าการที่ศาลปกครองสูงสุดตัดสินกรณีอธิการบดีมหาวิทยาลัยอายุเกิน 60 ปีไม่ได้ ซึ่งกระทบกับมหาวิทยาลัยสงฆ์สองแห่งคือ มจร และ มมร นั้น ชี้แจงว่ามหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้ง 2 แห่ง มีสถานะเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐตั้งแต่จัดตั้ง ไม่ได้เป็นมหาวิทยาลัยที่เป็นส่วนราชการ ฉะนั้น อธิการบดี มจร และมมร จึงไม่อยู่ในระเบียบหรือกฎหมาย เช่น พ.ร.บ.บำเหน็จบำนาญข้าราชการ พ.ศ. 2494 มาตรา 19 วรรค 1 ที่ระบุว่า ข้าราชการที่มีอายุครบ 60 ปีบริบูรณ์แล้ว เป็นอันพ้นจากเวลาราชการ
“มจร กับมมร เป็นมหาวิทยาลัยนอกระบบซึ่งมีข้อบังคับของมหาวิทยาลัยว่าด้วยการสรรหาอธิการบดี พ.ศ. 2541 ซึ่งไม่ได้กำหนดอายุของผู้ที่จะดำรงตำแหน่งอธิการบดีว่าจะต้องไม่เกิน 60 ปี เหมือนมหาวิทยาลัยที่เป็นส่วนราชการหรือเหมือนข้าราชการในกระทรวง กรม กองทั้งหลาย ดังนั้นมหาวิทยาลัยสงฆ์ทั้ง 2 แห่งจึงไม่ได้ผลกระทบใดๆ สำหรับพระเถระที่ดำรงตำแหน่งอธิการบดีที่มีอายุเกิน 60 ปี เพราะมจรและมมร เป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ และสภามหาวิทยาลัยได้เห็นชอบในการออกข้อบังคับว่าด้วยการสรรหาอธิการบดีดังกล่าว และคำพิพากษาของศาลปกครอง ไม่มีผลต่อมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐทั้งหมด” พระเมธีธรรมาจารย์ กล่าว
