เมื่อวันที่ 29 มิถุนายน ผศ.ดร.พัฒนพงษ์ วันจันทึก อดีตรักษาราชการแทนอธิการบดี(ผู้ผ่านการสรรหาเป็นอธิการบดี ตั้งแต่ปี 2561) กล่าวถึงกรณี รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการอุดมศึกษา วิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม (อว.)มีคำสั่งให้ ม.นครพนม แต่งตั้งคณะกรรมการสอบสวนทางวินัยอย่างร้ายแรง กล่าวหาว่าตน ทำผิดวินัยอย่างร้ายแรง กรณีสั่งให้นำเครื่องบินของ ม.นครพนม ขึ้นบินโดยไม่ได้รับอนุญาต ประสบอุบัติเหตุตกเมื่อ 2 มิถุนายน 2559ทำให้มีผู้เสียชีวิต 3 คน โดยผลการสอบ คกก. มีความเห็นเป็นเอกฉันท์ว่าการกระทำของตน ไม่เป็นความผิดตามข้อกล่าว และเห็นควรยุติเรื่อง เเละล่าสุดเมื่อวันที่ 7 พฤษภาคม 2564 ศาลปกครองสูงสุดมีคำสั่ง คบ.73/2564 ว่า รมว.อว. ออกคำสั่ง อว.103/2563 อาจมิชอบด้วยกฎหมาย ว่าหลังเดินหน้าทวงขอความเป็นธรรม โดยจะใช้ช่องทางด้านกฏหมายเพื่อเรียกร้องศักดิ์ศรีและต้องการกลับมาทำหน้าเป็นอธิการบดี ม.นครพนม เพื่อพิสูจน์ผลงานของตนเองต่อไป
ผศ.ดร.พัฒนพงษ์ กล่าวต่อว่าภายใน ม.นครพนม มีความขัดแย้งกันในเรื่องการบริหารภายใน เนื่องจากทีมผู้บริหารมีนโยบายตามงานจริงจัง รวดเร็ว และปราศจากการทุจริต จึงทำให้เป็นที่ขัดใจของกลุ่มบุคลากรบางกลุ่มและกลุ่มบุคคลภายนอกที่คอยหาประโยชน์จากมหาวิทยาลัยกลุ่มบุคคลดังกล่าวยังคงยึดติดกับผลประโยชน์และวิธีคิดแบบเดิมจนนำไปสู่ความขัดแย้งภายในองค์กร
