สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ประกาศรายชื่อสโมสรที่จะเข้าร่วมการแข่งขันฟุตบอลลีกอาชีพรายการ โตโยต้า ไทยลีก (ไทยลีก1) และ เอ็ม-150 แชมเปี้ยนชิพ (ไทยลีก2) ในฤดูกาล 2020 สืบเนื่องจากกรณีพักทีมของสโมสร พีทีที ระยอง ได้ถอนทีม จึงต้องมีการเลื่อนให้ทีมอันดับรองลงมา คือ สุพรรณบุรี เอฟซี ซึ่งจบอันดับ 14 ในรายการแข่งขันฟุตบอลลีกอาชีพไทยลีก 1 ฤดูกาล 2562 จะยังได้สิทธิร่วมแข่งขันไทยลีก 1 ในฤดูกาล 2563
16 สโมสรที่ได้เข้าร่วมแข่งขันฟุตบอลลีกอาชีพ รายการโตโยต้า ไทยลีก 2020 มีดังต่อไปนี้ บีจี ปทุม ยูไนเต็ด, บุรีรัมย์ ยูไนเต็ด, ชลบุรี เอฟซี, นครราชสีมา มาสด้า เอฟซี, โปลิศ เทโร เอฟซี, การท่าเรือ เอฟซี, พีที ประจวบ เอฟซี, ราชบุรี มิตรผล เอฟซี, ระยอง เอฟซี, สมุทรปราการ ซิตี้, เอสซีจี เมืองทอง ยูไนเต็ด, สิงห์ เชียงราย ยูไนเต็ด, สุโขทัย เอฟซี, สุพรรณบุรี เอฟซี, ตราด เอฟซี, ทรู แบงค็อก ยูไนเต็ด
ขณะที่ฟุตบอล เอ็ม-150 แชมเปี้ยนชิพ 2020 ได้มีสโมสรไทยฮอนด้า เอฟซี ประกาศพักทีม ไม่ส่งเข้าร่วมการแข่งขันต่อ ด้วยเหตุนี้ สโมสรฟุตบอลราชนาวี ซึ่งจบอันดับ 16 ในรายการแข่งขันฟุตบอลไทยลีก 2 ฤดูกาลที่ผ่านมาจะยังได้สิทธิร่วมแข่งขันไทยลีก2 ในฤดูกาลหน้า ทำให้มีสโมสรที่ถูกลดชั้นมี 2 ทีม ได้แก่ อุบล ยูไนเต็ด และ อยุธยา ยูไนเต็ด ที่จบฤดูกาลด้วยอันดับ 17 และ 18 ตามลำดับ อย่างไรก็ตาม เพื่อความสมดุล และเกิดความเหมาะสมในการจัดแข่งขันฟุตบอลอาชีพ ประกอบกับเหตุผลด้านลิขสิทธิ์ถ่ายทอด ที่จำเป็นต้องคงจำนวนทีมไว้ นอกเสียจากเกิดเหตุสุดวิสัยในช่วงระหว่างฤดูกาล สมาคมฯ จึงพิจารณาให้ รายการแข่งขันไทยลีก 2 ในฤดูกาลหน้า มีจำนวน 18 ทีมเท่าเดิม และเนื่องจากอุบล ยูไนเต็ด ทีมอันดับ 17 ไม่ผ่านใบอนุญาตสโมสร ทำให้ถูกลดชั้นไปยังไทยลีก 4 เพราะฉะนั้น อยุธยา ยูไนเต็ด ที่อยู่ลำดับถัดมา ซึ่งมีคุณสมบัติครบถ้วน ยังคงได้สิทธิร่วมแข่งขันไทยลีก 2 ต่อ
18 สโมสร ที่ได้เข้าร่วมแข่งขันฟุตบอลเอ็ม-150 แชมเปี้ยนชิพ 2020 มีดังต่อไปนี้ แอร์ฟอร์ซ ยูไนเต็ด, อาร์มี่ ยูไนเต็ด, อยุธยา ยูไนเต็ด, ชัยนาท ฮอร์นบิล, เชียงใหม่ เอฟซี, เชียงใหม่ ยูไนเต็ด, เกษตรศาสตร์ เอฟซี, ขอนแก่น เอฟซี, ขอนแก่น ยูไนเต็ด, ลำปาง เอฟซี, เอ็มโอเอฟ ศุลกากร ยูไนเต็ด, นครปฐม ยูไนเต็ด, สโมสรฟุตบอลราชนาวี, หนองบัว พิชญ เอฟซี, แพร่ ยูไนเต็ด, ศรีสะเกษ เอฟซี, ไทยยูเนี่ยน สมุทรสาคร เอฟซี, อุดรธานี เอฟซี
