การแข่งขันฟุตบอลชาย ซีเกมส์ ครั้งที่ 29 จะมีการจับสลากแบ่งสาย ในวันที่ 8 กรกฎาคม ที่ประเทศมาเลเซีย
สำหรับรูปแบบการวางสายจะแบ่งออกเป็น 2 กลุ่ม กลุ่มเอ มี 5 ทีม “เจ้าภาพ” มาเลเซียจะเป็นทีมวาง ส่วนกลุ่มบี มี 6 ทีม “แชมป์เก่า” ไทยเป็นทีมวาง ส่วนอีก 9 ทีมจะแบ่งทีมออกเป็น 3 โถ โถแรก พม่า รองแชมป์เมื่อครั้งที่แล้ว และเวียดนาม ทีมอันดับ 3 / โถสอง อินโดนีเซีย อันดับ 4 เมื่อครั้งที่แล้ว และสิงคโปร์ ทีมอันดับ 5 เมื่อซีเกมส์ ครั้งที่ 28 / โถสาม กัมพูชา, บรูไน, ลาว, ติมอร์เลสเต, ฟิลิปปินส์
จากการวางโถในรูปแบบนี้ทำให้รอบแรก ไทยมีโอกาสอยู่ร่วมสายกับอินโดนีเซีย พม่าหรือเวียดนาม ขณะที่มาเลเซียกับไทยมีโอกาสจะเจอกันเร็วที่สุดในรอบรองชนะเลิศ
ทั้งนี้ ก่อนหน้านี้ลาวและเวียดนามไม่พอใจกับการวางรูปแบบในการจับสลากของเจ้าภาพ ที่ให้มาเลเซียสามารถเลือกอยู่กลุ่มไหนก็ได้ ทำให้ต้องมีการปรับกลับมาใช้รูปแบบเดียวกับซีเกมส์ครั้งที่แล้ว ที่สิงคโปร์เป็นเจ้าภาพ
