เมื่อพระเพทราชาทำรัฐประหารขึ้นครองบัลลังก์ของอาณาจักรศรีอยุธยาใน พ.ศ.2231 แล้วพระองค์ได้ทำการกระจายอำนาจทางการทหาร ซึ่งเดิมขึ้นอยู่กับสมุหกลาโหมแต่ผู้เดียวออกเป็น 3 ส่วนโดยให้สมุหกลาโหมเปลี่ยนไปควบคุมกิจการทหารในเมืองหลวงและกิจการทหารและพลเรือนของหัวเมืองฝ่ายใต้ให้สมุหนายกควบคุมกิจการพลเรือนในเมืองหลวง กิจการทหารและพลเรือนของหัวเมืองฝ่ายเหนือ ส่วนพระโกษาธิบดี (เสนาบดีกรมท่า) ให้ดูแลกิจการทหารและพลเรือนของหัวเมืองตะวันออกซึ่งเป็นรูปแบบการปกครองส่วนภูมิภาคของไทยเราตลอดปลายสมัยกรุงศรีอยุธยา กรุงธนบุรีศรีมหาสมุทร และกรุงรัตนโกสินทร์ตอนต้นรวมเวลากว่า 200 ปีทีเดียว
ครั้นเมื่อพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงปฏิรูปการปกครองในวันที่ 1 เมษายน พ.ศ.2435 พระองค์จึงโปรดเกล้าฯให้ดำเนินงานเป็นการถาวร กรมทั้ง 10 ยกฐานะเป็นกระทรวง และทรงตั้งเพิ่มอีก 2 กระทรวง คือ ยุติธรรมและมุรธาธร ทั้งหมดจึงเป็น 12 กระทรวง กรมยุทธนาธิการมีฐานะเท่ากับกระทรวง กระทรวงทั้ง 12 และเสนาบดีประจำกระทรวงมีดังต่อไปนี้ (บรรดาศักดิ์เป็นไปตามเวลานั้น)
1.กระทรวงมหาดไทย พระเจ้าน้องยาเธอ กรมหมื่นดำรงราชานุภาพ
2.กระทรวงกลาโหม เจ้าพระยาพลเทพ
3.กระทรวงนครบาล พระเจ้าน้องยาเธอ กรมหมื่นนเรศวรฤทธิ์
4.กระทรวงวัง พระเจ้าน้องยาเธอ กรมหมื่นประจักษ์ศิลปาคม
5.กระทรวงเกษตรพาณิชการ พลโทพระยาสุรศักดิ์มนตรี
6.กระทรวงการต่างประเทศ พระเจ้าน้องยาเธอ กรมหลวงเทววงศ์วโรปการ
7.กระทรวงพระคลัง สมเด็จพระเจ้าน้องยาเธอ กรมพรจักรพรรดิพงศ์
8.กรมยุทธนาธิการ พระเจ้าน้องยาเธอ กรมพระภานุพันธุวงศ์วรเดช
9.กระทรวงยุติธรรม พระเจ้าน้องยาเธอ พระองค์เจ้าสวัสดิโสภณ
10.กระทรวงธรรมการ พระยาภาสกรวงษ์
11.กระทรวงโยธาธิการ พระเจ้าน้องยาเธอ กรมขุนนริศรานุวัติวงศ์
12.กระทรวงมุรธาธิการ พระเจ้าน้องยาเธอ กรมหมื่นพิทยาภพฤฒิธาดา
ความจริงการปฏิรูปการปกครองนี้ ก็ยังคงรักษารูปแบบการปกครองส่วนภูมิภาคที่มีมาตั้งแต่สมัยอยุธยาตอนปลายไว้ก็คือ แบ่งการปกครองส่วนภูมิภาคเป็น 3 ส่วน โดยหัวเมืองฝ่ายเหนือให้อยู่ในการบังคับบัญชาของ สมุหนายก ซึ่งเปลี่ยนชื่อเป็น
กระทรวงมหาดไทย และหัวเมืองฝ่ายใต้ให้อยู่ในการบังคับบัญชาของสมุหกลาโหม คือ กระทรวงกลาโหม สำหรับเมืองท่าบริเวณอ่าวไทย เช่น จันทบุรี ตราด สมุทรปราการ ให้กรมท่า คือ กระทรวงการต่างประเทศปกครอง ส่วนการทหารนั้นกรมยุทธนาธิการรับผิดชอบอยู่
ปรากฏว่าหลังการปฏิรูปการปกครองได้ปีเศษ เสนาบดีสภาได้ประชุมกันในวันที่ 4 มีนาคม พ.ศ.2436 (ถ้านับตามแบบใหม่จะเป็น พ.ศ.2437) โดยสมเด็จฯ กรมพระยาดำรงราชานุภาพได้นำความเห็นเรื่องการจัดการเทศาภิบาลให้ที่ประชุมพิจารณา หลังจากสมเด็จฯ กรมพระยาดำรงราชานุภาพ ทรงชี้แจงรายละเอียดต่างๆ ตั้งแต่ประโยชน์ของมณฑลเทศาภิบาล การดำเนินการต่างๆ แล้วก็ได้พิจารณาว่ามณฑลต่างๆ ที่จัดตั้งขึ้นมาจะประกอบด้วยเมืองอะไรบ้าง และมณฑลใดควรขึ้นอยู่กับกระทรวงมหาดไทย กระทรวงกลาโหม ดังที่เป็นอยู่ในเวลานั้น
ในการพิจารณาว่ามณฑลใดควรสังกัดกระทรวงใด ได้เกิดปัญหาสำคัญตามมาประการหนึ่งเกี่ยวกับเรื่องกำลังอภิปรายคือ เมื่อปรึกษากันว่าจะยกมณฑลปราจีนบุรี ซึ่งจะมีเมืองในสังกัดประกอบด้วย ฉะเชิงเทรา นครนายก พนัสนิคม ชลบุรี บางละมุง พระตะบอง เสียมราฐ พนมศก และศรีโสภณ ให้ขึ้นกับกรมท่า ปรากฏว่า สมเด็จฯ กรมพระยาเทวะวงศ์วโรปการต้องการที่จะทำงานด้านต่างประเทศอย่างเดียว จึงทรงยกให้ขึ้นกับกระทรวงมหาดไทยเสีย ซึ่งในตอนแรกคำตอบของสมเด็จฯ กรมพระยาเทวะวงศ์วโรปการ ยังไม่มีผลสำคัญนัก และที่ประชุมยัง ศึกษาต่อไปถึงมณฑลที่ขึ้นกับกระทรวงกลาโหม ซึ่งกระทรวงกลาโหมก็รับ 2 มณฑลให้ขึ้นด้วย ถึงตอนนี้เองจึงมีผู้เสนอแนวความคิดใหม่ขึ้นมา โดยพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระนเรศร์วรฤทธิ์มีความเห็นให้ทุกมณฑลรวมทั้งมณฑลกรุงเทพฯขึ้นกับกระทรวงมหาดไทย แต่สมเด็จเจ้าฟ้าฯ กรมพระยาภาณุพันธวงศ์วรเดช เสนอความเห็นว่า ให้ทุกมณฑลยกเว้นมณฑลกรุงเทพฯ ขึ้นกับกระทรวงเมืองหรือนครบาล ซึ่งที่ประชุมได้อภิปรายต่อไปว่า ถ้าให้มณฑลกรุงเทพฯขึ้นกับกระทรวงมหาดไทย กระทรวงนครบาลจะมีงานอะไรทำ รวมทั้งกระทรวงกลาโหมด้วย ต้องไม่มีงานทำเหมือนกัน สุดท้ายมีความเห็นว่า มณฑลทั้งหลายควรให้ขึ้นกับกระทรวงมหาดไทย ยกเว้นมณฑลกรุงเทพฯ ส่วนงานของกระทรวงกลาโหมเอาไว้ปรึกษากันภายหลัง
มตินี้ได้นำไปสู่การเปลี่ยนแปลงที่สำคัญ เป็นการเปลี่ยนโฉมหน้า หรือกล่าวอีกอย่างหนึ่งได้ว่าเป็นการย้อนยุคสมัยไปหาระบบการปกครองครั้งรัชสมัยสมเด็จพระบรมไตรโลกนาถ เว้นแต่ว่าถ้ากระทรวงกลาโหมไม่มีมณฑลเทศาภิบาลอยู่ภายใต้การปกครอง กระทรวงกลาโหมจะมีงานอะไรทำ เพราะในเวลานั้น เรื่องการทหารขึ้นต่อกรมยุทธนาธิการ
การประชุมในวันที่ 4 มีนาคม พ.ศ.2436 ถือได้ว่าเป็นการประชุมครั้งสำคัญที่นำไปสู่การเปลี่ยนแปลงระบบการบริหารการปกครอง ส่วนภูมิภาค กล่าวคือ เปลี่ยนจากการสังกัดกระทรวงมหาดไทยและกระทรวงกลาโหม มาเป็นสังกัดกระทรวงมหาดไทยกระทรวงเดียว ส่วนกระทรวงกลาโหมก็มีหน้าที่เกี่ยวกับงานทหาร ว่าไปแล้วการเปลี่ยนแปลงเป็นไปโดยไม่ได้ตั้งใจ เพราะความตั้งใจเดิมเป็นเพียงการจัดตั้งมณฑลเทศาภิบาล ไม่ได้ตั้งใจถึงการเปลี่ยนแปลงในระบบบริหาร แต่ในที่สุดสมเด็จฯ กรมพระยาดำรงราชานุภาพ ทรงเสนอความเห็นว่า กระทรวงกลาโหมควรมีหน้าที่
1.เป็นผู้ถือบัญชีกำลังพลในบ้านเมือง (สัสดี) ตลอดทั้งพระราชอาณาเขต (ไม่ใช่การบังคับทหาร)
2.ต้องทำหน้าที่ป้องกันพระราชอาณาเขต
นี่คือการเปลี่ยนโฉมหน้าการปกครองส่วนภูมิภาคที่ดำเนินการมาร่วม 200 ปี ตั้งแต่สมัยปลายอยุธยาโดยกระทรวงมหาดไทยจะเป็นผู้บังคับบัญชาหัวเมืองทั่วราชอาณาจักรยกเว้นกรุงเทพมหานครซึ่งอยู่ในบังคับบัญชาของกระทรวงนครบาล ส่วนกระทรวงกลาโหมจะมีหน้าที่ในเรื่องการทหารโดยเฉพาะ
สำหรับกรมยุทธนาธิการซึ่งมีหน้าที่เกี่ยวกับการทหารมาแต่เดิมให้เป็นหน่วยงานขึ้นกับกระทรวงกลาโหม แต่ผู้บังคับบัญชากรมยุทธนาธิการให้คงยศเสมอเสนาบดี
