การพิจารณาแก้ไขรัฐธรรมนูญวาระที่ 2 ผ่านการพิจารณาไปตามคาด และมีปัญหาจากข้อสงสัยเรื่องการแก้ไขเกินหลักการ รวมไปถึงรายละเอียดในการบัญญัติบางข้อไปตามคาดเช่นกัน การแก้ไขในมาตราที่เกี่ยวกับบัตรเลือกตั้ง 2 ใบนั้นดูจะไม่มีข้อโต้แย้งนัก โดยเฉพาะพรรคการเมืองไม่ว่าจะเป็นฝ่ายค้านหรือฝ่ายรัฐบาลต่างเห็นว่าการใช้บัตรเลือกตั้ง 2 ใบ โดยใบหนึ่งเลือก ส.ส.เขต ส่วนอีกใบหนึ่งเลือกระบบบัญชีรายชื่อนั้นดีแล้ว บรรยากาศการอภิปรายจึงเป็นไปในทำนองเห็นด้วย
อย่างไรก็ตาม ในการแก้ไขมาตรา 91 ที่ระบุถึงรายละเอียดการคำนวณ ส.ส.บัญชีราชื่อนั้น ปรากฏว่ามีข้อทักท้วงในรายละเอียด ฝ่ายหนึ่งเห็นว่าสมควรที่จะใช้ระบบการคำนวณแบบรัฐธรรมนูญปี 2540 ขณะที่อีกฝ่ายหนึ่งเห็นว่าหากใช้ระบบแบบเดียวกับรัฐธรรมนูญปี 2540 จะเกิดเหตุการณ์พรรคใหญ่ในสภาและนำไปสู่เหตุการณ์วุ่นวายตามมาเหมือนอดีตที่เคยปรากฏ ดังนั้นจึงเสนอว่าควรจะมีการคำนวณ ส.ส.บัญชีรายชื่อในระบบที่เรียกว่า เอ็มเอ็มพี โดยระบุว่าการใช้ระบบนี้จะทำให้สัดส่วนแต่ละพรรคการเมืองได้ ส.ส.สอดคล้องกับคะแนนเสียงที่ประชาชนเลือกตั้ง
ในการอภิปรายมีการนำข้อมูลมานำเสนอ ยกตัวอย่างเช่น การนำผลการเลือกตั้งปี 2548มาพิจารณา ซึ่งพบว่าหากคำนวณตามรัฐธรรมนูญปี 2540 พรรคเพื่อไทย ที่ได้ ส.ส. 377 คน สัดส่วนบัตรใบสอง 61 เปอร์เซ็นต์ ส.ส.บัญชีรายชื่อ 67 คน ทำให้มีสัดส่วน ส.ส.ในสภาถึง 75 เปอร์เซ็นต์ มีส่วนต่าง 14 เปอร์เซ็นต์ พรรคประชาธิปัตย์ได้ ส.ส. 96 คน สัดส่วนบัตรใบสอง 23 เปอร์เซ็นต์ ส.ส.บัญชีรายชื่อ 26 คน ทำให้มีสัดส่วน ส.ส.ในสภา 19 เปอร์เซ็นต์ ส่วนต่าง 4 เปอร์เซ็นต์ ขณะที่พรรคชาติไทย ได้ ส.ส. 25 คน สัดส่วนบัตรใบสอง 7 เปอร์เซ็นต์ ส.ส.บัญชีรายชื่อ 7 คน ทำให้มีสัดส่วน ส.ส.ในสภา 5 เปอร์เซ็นต์ ส่วนต่าง 2 เปอร์เซ็นต์ แต่หากใช้ระบบเอ็มเอ็มพี พรรคเพื่อไทยจะได้ ส.ส. 310 คน ส่วนต่าง 1 เปอร์เซ็นต์พรรคประชาธิปัตย์ได้ ส.ส. 116 คน พรรคชาติไทย ได้ ส.ส. 34 คน ไม่มีส่วนต่าง เป็นต้น
ประเด็นดังกล่าวคณะกรรมาธิการระบุว่า การคำนวณ ส.ส.บัญชีรายชื่อนั้นมิได้กำหนดไว้ในการแก้ไขรัฐธรรมนูญ เพราะต้องการให้ใช้เวลาในการพิจารณา จึงควรจะกำหนดในกฎหมายลูก ซึ่งการแก้ไขรัฐธรรมนูญผ่านพ้นวาระ 3 ไปแล้ว เชื่อว่าข้อเสนอดังกล่าวจะกลายเป็นหัวข้อสำคัญหัวข้อหนึ่งที่จะต้องหาข้อสรุป และจะเป็นอีกครั้งที่ได้เห็นมุมมองของรัฐสภาว่าการแก้ไขรัฐธรรมนูญครั้งนี้เพื่อพรรคการเมืองหรือเพื่อประชาชนกันแน่
