กรุงรัตนโกสินทร์เริ่มมีสำนักกรรมฐานหลักที่วัดพลับเมื่อสมเด็จพระญาณสังวร (สุก) มาจากวัดท่าหอยซึ่งเป็นวัดลูกของวัดพุทไธศวรรย์ ท่านมีพระอาจารย์ในสายวัดป่าแก้วและวัดพุทไธศวรรย์ก็เป็นวัดในคณะคามวาสีสมัยกรุงเก่า วัดสมอรายมีพระอาจารย์อีกท่านหนึ่งในคณะอุปัชฌาย์สายเดียวกันคือพระปัญญาวิศาลเถร (ศรี) แต่เมื่อมรณภาพแล้วก็เหลือที่วัดพลับแห่งเดียว พระอาจารย์ศรีมรณภาพเมื่อใดไม่ทราบชัด ทราบเพียงว่าพระอาจารย์เทพได้ดำรงสมณศักดิ์เดียวกันนี้เมื่อเดินทางกลับจากลังกาในปี พ.ศ.2361 และมีนามร่วมสังคายนาบทสวดมนต์ในปี พ.ศ.2363 ด้วย

พระมาลัยโปรดขุมนรก
สะพายบาตรอย่างพระธุดงค์
ถือตาลปัตรแบบลังกาและมีสร้อยประคำแบบอริยารหันต์
ในช่วงต้นของกรุงรัตนโกสินทร์อาจกล่าวได้ว่าวิปัสสนาธุระมีฐานะเป็นรองคันถธุระจนกระทั่งกรมหมื่นเจษฎาบดินทร์ รัชกาลที่ 3 ทรงดูแลการพระศาสนา การอบรมกรรมฐานเริ่มรุ่งเรืองและเป็นครั้งแรกที่พระสังฆราชมาจากฝ่ายอรัญวาสี พระองค์ทรงเป็นศิษย์สมเด็จพระสังฆราชญาณสังวร (สุก) ส่วนอดีตสมเด็จพระวันรัต (ทองอยู่) เป็นพระยาพจนาพิมลผู้รับสนองงานพระอาลักษณ์
แนวทางสมถวิปัสสนาแบบกรุงเก่าในสยามนับว่ามีวัดพลับหรือวัดราชสิทธารามเป็นเสาหลัก สำนักอื่นที่สำคัญได้แก่วัดสมอรายและวัดสระเกศ อย่างไรก็ตาม ก็มีอีกหลายวัดที่มีพระอาจารย์บอกกรรมฐานได้ สมเด็จโต พรหมรังสี เป็นศิษย์ของสมเด็จพระญาณสังวร (สุก) และเคยเป็นศิษย์วัดสังเวช ซึ่งเดิมคือวัดสามจีนเหนือ ปลายยุครุ่งเรืองของสำนักวัดพลับมีพระสังวรานุวงศ์เถร (เอี่ยม) และพระสังวรานุวงศ์เถร (ชุ่ม) เป็นพระอาจารย์บอกกรรมฐานแต่เมื่อเข้าสู่ยุคปริยัติก็ลดบทบาทลง
การศึกษาที่เน้นปริยัติและการสอบวัดผลรวมทั้งการยอมรับธรรมชาติวิทยาอย่างตะวันตกช่วยให้การศึกษาปริยัติก้าวหน้าขึ้นแต่การศึกษากรรมฐานก็ถูกละเลยไปมาก หลักสูตรกรรมฐานถูกยกเลิกในปี พ.ศ.2439 ซึ่งอยู่ในช่วงที่เกิดกระทรวงธรรมการ กระทรวงนี้มีเสนาบดีหัวตะวันตกดูแลและเป็นแหล่งผลิตนักเรียนนอกและระบบการศึกษาสมัยใหม่
ความคิดตะวันตกมีอิทธิพลอย่างมากต่อการบริหารแผ่นดิน ในช่วงเศรษฐกิจตกต่ำงานใต้ดินนานหลายปีของขุนนางชั้นสูง (ส่วนหนึ่งมีหลักที่กระทรวงธรรมการ) มีผลต่อการยึดอำนาจรัฐสำเร็จในนามของคณะราษฎรแต่ไม่นานก็เกิดการแย่งชิงอำนาจกัน พระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงสละราชสมบัติซึ่งมีผลให้องค์ศาสนูปถัมภกขาดหายไป อำนาจทางการเมืองได้ตกทอดมาที่อดีตขุนนางนักเรียนนอกซึ่งก็คือหลวงพิบูลสงครามและหลวงประดิษฐ์มนูธรรม รัฐบาลได้ออกกฎหมายให้สงฆ์ปกครองอย่างปุถุชนและให้ยุบรวมธรรมยุติกนิกายและมหานิกายเข้าด้วยกันแต่เนื่องจากขัดธรรมชาติของผู้ออกบวชจึงไม่สำเร็จ
การที่วิปัสสนาธุระถดถอยอย่างต่อเนื่องทำให้ความสนใจการปฏิบัติมีน้อยลง พระภิกษุที่สนใจมี 4 ทางเลือก ได้แก่ การเสาะหาพระอาจารย์ทางสมถวิปัสสนาซึ่งมักปะปนวิทยาคม การบวชในวัดธรรมยุต การอบรมสายรูปนามและการศึกษาเทียบเคียงจากพระสูตรกันเอง
ครูบาศรีวิชัยสืบวงศ์จากนิกายท้องถิ่นเชียงใหม่และลำพูน ท่านศึกษาจากพระอุปัชฌาย์สุมนะวัดบ้านโฮ่งหลวงและครูบาอุปละวัดดอยแตจากนั้นก็เจริญภาวนาตามป่าเขา ท่านปฏิบัติสมถวิปัสสนาตามแนววิสุทธิมรรคและปกติใช้สร้อยประคำเจริญสมาธิในอิริยาบถต่างๆ ท่านอาจสืบสายจากครูบากัญจนอรัญวาสีมหาเถรแห่งวัดพระสิงห์เชียงใหม่และวัดสูงเม่นเมืองแพร่ ซึ่งครูบากัญจนมหาเถรแนะนำการปฏิบัติตามแนววิสุทธิมรรคโดยเน้นที่กรรมฐานห้าแต่ไม่อาศัยกสิณ
หลวงปู่บุดดา ถาวโร อุปสมบทโดยมิได้เล่าเรียนแต่อาศัยกรรมฐานห้าแล้วออกธุดงค์ตามป่าถ้ำ พระอุปัชฌาย์ของท่านคือพระครูธรรมขันธ์สุนทร (เอี่ยม อิศรางกูรฯ) วัดโพนทอง ซึ่งเป็นศิษย์วัดบวรนิเวศ ท่านเคยจำพรรษาในสำนักพระธรรมวโรดม (เซ่ง อุตตโม) ที่วัดราชาธิวาส
หลวงพ่อพุทธทาสภิกขุศึกษาทางปริยัติและแสวงหาการปฏิบัติเองเช่น จากอานาปานสติสูตร สำหรับปฏิจจสมุปบาทท่านเน้นที่ผัสสะ
หลวงพ่อเกษม เขมโก ศึกษาปริยัติแต่สนใจวิปัสสนาจึงได้ฝากตัวเป็นศิษย์ครูบาแก่น สุมโน แห่งวัดประตูป่องที่ลำปางแล้วออกธุดงค์ตามป่าเขา ท่านฝึกเตโชกสิณและปฏิบัติอย่างโสสานิกภิกขุ

พระมาลัยสักการะพระเจดีย์จุฬามณี
มีพระอินทร์ ช้างเอราวัณและสร้อยประคำ
สร้อยประคำเป็นบริขารของสมถภาวนา นิยมมากในล้านนาและสยามตอนบน
(เอื้อเฟื้อภาพถ่ายโดย รศ.ดร.มนชยา อุรุยศ)
พระอาจารย์กรรมฐานในฝ่ายมหานิกายมักเป็นศิษย์สายวัดพลับในธนบุรี อยุธยา สุพรรณบุรีและนครปฐม เช่น หลวงพ่อเนียม ธัมมโชติ วัดน้อย หลวงพ่อปาน วัดบางเหี้ย หลวงปู่เอี่ยม สุวัณณสโร วัดหนัง หลวงปู่ฮวบ พรหมสร วัดดอนยายหอม หลวงปู่ทับ วัดสุวรรณาราม หลวงปู่บุญ ธัมมโชติ วัดกลางบางแก้ว หลวงพ่อพริ้ง อินทโชติ วัดบางปะกอก หลวงพ่อโหน่ง อินทสุวัณโณ วัดคลองมะดันและหลวงพ่อปาน โสนันโท วัดบางนมโค
หลวงพ่อสุ่นวัดบางปลาหมอและหลวงพ่อปั้นวัดพิกุลเป็นสหธรรมมิกของหลวงพ่อเนียมวัดน้อยและเป็นอาจารย์ของหลวงพ่อจง พุทธสโร วัดหน้าต่างนอกและหลวงพ่อปานวัดบางนมโค หลวงพ่อหรุ่น พุทธสโร วัดช้างเผือกเป็นศิษย์หลวงปู่อ้น อิศรางกูรฯ แห่งวัดบางจากซึ่งเป็นศิษย์สมเด็จโต พรหมรังสี หลวงพ่อคง ธัมมโชโต วัดบางกะพ้อมเป็นศิษย์ของหลวงพ่อหรุ่น พุทธสโร
กรรมฐานแนววัดพลับนี้สืบทอดต่อกันมาจนถึงหลวงพ่อสดจันทสโร วัดปากน้ำภาษีเจริญ หลวงปู่โต๊ะ อินทสุวัณโณ วัดประดู่ฉิมพลี หลวงพ่อแช่ม ฐานุสสโร วัดดอนยายหอม หลวงพ่อฤาษีลิงดำวัดท่าซุง และหลวงพ่อกัสสปมุนีวัดปิปผลิวนาราม เป็นต้น
พระอาจารย์กรรมฐานที่มีเค้าว่าเป็นสายอรัญวาสีสำนักกรุงธนบุรีได้แก่หลวงพ่อกลั่น ธัมมโชโต วัดพระญาติการาม ซึ่งเป็นศิษย์วัดประดู่ทรงธรรมและหลวงพ่อเภา พุทธสโร วัดถ้ำตะโก-วัดเขาวงกฏ ซึ่งเป็นศิษย์หลวงพ่อเทศ จันทโชติ ในสายหลวงพ่อรอดวัดหนองโพ หลวงพ่อเภาเป็นพระกรรมฐานที่เป็นที่เลื่อมใสอย่างยิ่ง ท่านแนะนำอานาปานสติและอริยสัจ
ในสองสายนี้ศิษย์ของหลวงพ่อเภามีหลวงพ่อคง คงคปัญโญ วัดถ้ำตะโก หลวงพ่อฉาย สุวัณณสโร วัดป่าธรรมโสภณ และหลวงปู่เกตุ จันทสุวัณโณ วัดศรีเมือง เป็นต้น หลวงปู่ดู่ พรหมปัญโญ วัดสะแกเป็นศิษย์ของหลวงพ่อกลั่น
ส่วนคณะรามัญซึ่งเป็นสายอรัญวาสีเคยมีหลักอยู่ที่วัดชนะสงคราม วัดบางหลวง วัดราชคฤห์และวัดบวรมงคล เป็นต้น หลวงพ่อเงิน พุทธโชติ วัดบางคลาน หลวงพ่อโตวัดประดิษฐาราม (วัดมอญ) และหลวงปู่ศุข เกสโร วัดปากคลองมะขามเฒ่าสืบมาจากสายนี้
เมื่อย้อนไปถึงช่วงปลายสมัยรัตนโกสินทร์ตอนต้นพระวชิรญาณเถระ รัชกาลที่ 4 ทรงเห็นความหย่อนยานในวินัยสงฆ์รวมทั้งเคลือบแคลงในรอยต่อสมณวงศ์เมื่อครั้งเสียกรุงจึงทรงก่อตั้งคณะธรรมยุตเมื่อปี พ.ศ.2368 โดยมีวัตรปฏิบัติตามกัลยาณีวงศ์ซึ่งเป็นแบบดั้งเดิมของลังกา
คณะกัลยาณีที่เข้ามาพร้อมกับพระสงฆ์อพยพสายหงสาวดีนี้สืบทอดจากสำนักเบญจปริเวณวิหารที่ชัยวัฒนานคร บ้างกล่าวว่าเป็นสายที่ย้อนไปถึงพระอนุรุทธในสมัยพุทธกาลซึ่งก็เป็นไปได้เพราะพระอนุรุทธอาศัยสติปัฏฐานมิใช่กสิณ
พระวชิรญาณเถระเป็นศิษย์สมเด็จพระสังฆราชญาณสังวร (สุก) โดยทรงเริ่มศึกษาที่สำนักวัดสมอรายจนสุดทางจึงเสด็จศึกษาต่อที่สำนักวัดพลับ พระองค์ทรงอุปสมบทซ้ำที่วัดสมอรายโดยมีพระสุเมธมุนีหรือพระอาจารย์ซาย พุทธวังโส เป็นพระอุปัชฌาย์ คณะธรรมยุตรุ่นก่อตั้งถือว่าจำนวนหนึ่งมีพื้นฐานการปฏิบัติจากวัดพลับและวัดสังเวชมาก่อน
พระวชิรญาณเถระทรงครองเพศบรรพชิตเป็นเวลายาวนาน 27 พรรษา วงศ์ธรรมยุติเริ่มที่วัดราชาธิวาส วัดบวรนิเวศและวัดโสมนัสโดยมีสมเด็จพระวันรัต (ทับ พุทธสิริ) สมเด็จพระมหาสมณเจ้ากรมพระยาปวเรศวริยาลงกรณ์และพระสังฆราชสา ปุสสเทโว เป็นต้น เป็นกำลังสำคัญ ศิษย์รุ่นต่อมาได้เผยแผ่สู่ดินแดนรอบนอก มีพระอาจารย์ดี พันธุโล ที่วัดสุปัฏนาราม พระอาจารย์เทวธัมมี (ม้าว) ที่วัดศรีทอง พระอาจารย์ก่ำ คุณสัมปันโน ที่สีทันดร หลวงปู่แสงที่วัดมณีชลขันธ์ พระมหาเย็น พุทธวังโส ที่เมาะละแหม่ง และพระสังฆราชปาน ปัญญาสีโล ที่กัมพูชา
แนวทางของคณะธรรมยุตแตกต่างจากแนวทางของวัดพลับ มีการเน้นกรรมฐานหลักเป็นจตุรารักขกรรมฐานอย่างชัดแจ้ง โดย
พุทธานุสติเป็นบทเบื้องต้นเพื่อให้เกิดอุปจารสมาธิ มิใช่เพื่อให้เกิดความชำนาญในฌาน
สมถวิปัสสนาของคณะธรรมยุตเข้าสู่สมัยที่รุ่งเรืองในช่วงที่เจ้าคุณอุบาลีคุณูปมาจารย์ (จันทร์ สิริจันโท) หลวงปู่เสาร์ กันตสีโล และหลวงปู่มั่น ภูริทัตโต เป็นพระอาจารย์ ทั้งสามท่านเป็นศิษย์ธรรมยุตสายเมืองอุบล-สีทันดรของพระอาจารย์เทวธัมมี หลวงปู่มั่นเป็นศิษย์ของเจ้าคุณอุบาลีและหลวงปู่เสาร์
คณะธรรมยุตสายเมืองอุบล-สีทันดรเป็นสายวนวาสีโดยเน้นทั้งปริยัติและวิปัสสนาธุระมาตั้งแต่สมัยพระอาจารย์ดี พันธุโล ประวัติมีว่าพระอาจารย์เทวธัมมีเน้นการปฏิบัติมากและปกติแนะนำอานาปานสติ
เมื่อสีทันดรและจำปาศักดิ์เสียให้แก่ฝรั่งเศสในปี พ.ศ.2436 ธรรมยุตสีทันดรนี้จึงมีหลักอยู่ที่วัดศรีทอง ความใกล้ชิดมีมากกับวัดบรมนิวาส วัดปทุมวนาราม วัดมกุฏกษัตริยารามและวัดเทพศิรินทร์ เจ้าคุณอุบาลีได้ย้ายจากจำปาศักดิ์มาที่วัดสุปัฏนาราม วัดพิชยญาติ วัดเทพศิรินทร์และวัดปทุมวนาราม ในปี พ.ศ.2439 ท่านได้ศึกษากรรมฐานเพิ่มเติมจากพระปัญญาพิศาลเถร (สิงห์) พระอาจารย์สิงห์เป็นพระกรรมฐานที่พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงอาราธนาจากวัดพระแท่นศิลาอาสน์มาประจำที่วัดปทุมวนาราม ต่อมาเจ้าคุณอุบาลีเป็นเจ้าอาวาสครองวัดบรมนิวาส
พระกรรมฐานสายวัดป่าซึ่งสืบมาจากคณะธรรมยุตสีทันดร-เมืองอุบลมีหลวงปู่เสาร์และหลวงปู่มั่นเป็นหลักสำคัญ พระปัญญาพิศาลเถร (หนู ฐิตปัญโญ) เป็นหลานศิษย์ของพระอาจารย์เทวธัมมีที่วัดศรีทองและปกติร่วมธุดงค์กับหลวงปู่เสาร์และหลวงปู่มั่น ท่านได้รับแต่งตั้งให้เป็นเจ้าอาวาสที่วัดปทุมวนารามในปี พ.ศ.2456 หลวงปู่จันทร์ เขมมิโย เป็นศิษย์ของหลวงปู่เสาร์ หลวงปู่มั่นและหลวงปู่หนู หลวงปู่บุญ ปัญญาวุโธ เป็นศิษย์ของเจ้าคุณอุบาลี หลวงปู่เสาร์และหลวงปู่มั่น ท่านบำเพ็ญวิเวกตามป่าเขา มีศิษย์มากแต่ท่านละสังขารในปี พ.ศ.2473 ด้วยวัย 44 ปี
หลวงปู่มั่นมีบทบาทสูงมากในการสอนกรรมฐานหลังจากท่านกลับจากถ้ำสาริกาโดยในปี พ.ศ.2457 ท่านเจ้าคุณอุบาลีได้ให้ท่านมาพำนักที่กรุงเทพฯ ท่านมักแสดงธรรมที่วัดปทุมวนารามและมีศิษย์กรรมฐานทั้งพระภิกษุและฆราวาส ในปีนั้นท่านได้เดินทางขึ้นอีสานและเริ่มมีศิษย์สายวัดป่ารุ่นแรกๆ ที่วัดบูรพาราม ก่อกำเนิดวัดป่ากรรมฐานสำคัญได้แก่วัดป่าสาลวันและสำนักสงฆ์วัดป่าศรัทธาธรรมในปี พ.ศ.2475 จากนั้นก็เกิดวัดป่ากรรมฐานอีกมากมายหลายแห่ง
การท่องธุดงค์และอยู่ป่าของท่านส่งผลให้มีการขยายตัวตามเขตพื้นที่ชนบทที่ท่านและศิษย์เดินทางไป การสืบทอดกรรมฐานทั้งการเจริญสติ สมาธิและปัญญาเป็นการสืบวิปัสสนาวงศ์ที่เข้มแข็งอย่างยิ่ง ท่านละสังขารในปี พ.ศ.2492
ตีรณ พงศ์มฆพัฒน์

