ตามพระราชบัญญัติคณะสงฆ์ พ.ศ.2505 มหาเถรสมาคมหมายความถึงคณะกรรมการซึ่งตั้งขึ้นตามความในพระราชบัญญัติฉบับนั้น มีสมเด็จพระสังฆราชเป็นประธานโดยตำแหน่ง สมเด็จพระราชาคณะทุกรูปเป็นกรรมการโดยตำแหน่ง และพระราชาคณะซึ่งสมเด็จพระสังฆราชทรงแต่งตั้งจำนวนไม่เกิน 12 รูป เป็นกรรมการ
ผู้ไม่คุ้นเคยอาจไม่เข้าใจว่าพระราชาคณะคือใคร จึงขออธิบายว่าพระราชาคณะหมายถึง พระภิกษุที่ได้รับแต่งตั้งและสถาปนาให้มีสมณศักดิ์ตั้งแต่ชั้นสามัญจนถึงชั้นสมเด็จพระราชาคณะ พระราชาคณะชั้นสามัญนั้นเมื่อได้รับแต่งตั้งและสถาปนาแล้วมักเรียกกันโดยมีคำนำหน้านามว่า เจ้าคุณหรือเจ้าพระคุณ ส่วนพระราชาคณะชั้นสมเด็จนั้นมักเรียกโดยมีคำนำหน้านามว่า เจ้าพระคุณสมเด็จ
ที่ควรรู้อีกอย่างหนึ่งก็คือ สมเด็จพระสังฆราชนั้นเมื่อได้รับแต่งตั้งและสถาปนาแล้ว ทรงพระกรุณาให้มีฐานันดรศักดิ์เทียบเท่าพระองค์เจ้า เพราะฉะนั้นจึงต้องใช้ราชาศัพท์กับท่านตามควรแก่กรณี แต่สำหรับพระราชาคณะชั้นสมเด็จนั้นไม่ใช้ราชาศัพท์
ควรสังเกตว่ากรรมการมหาเถรสมาคมนั้นตั้งแต่สมเด็จพระสังฆราช ซึ่งทรงเป็นประธานลงมาจนถึงกรรมการอื่นๆ ล้วนเป็นพระภิกษุสงฆ์ทั้งสิ้น เพราะฉะนั้นนอกจากจะต้องปฏิบัติหน้าที่ตามกฎหมายแล้ว จึงยังต้องปฏิบัติตนตามพระธรรมวินัยด้วย
หน้าที่ตามกฎหมายของมหาเถรสมาคมคือ (1) ปกครองคณะสงฆ์ให้เป็นไปโดยเรียบร้อยดีงาม (2) ปกครองและกำหนดการบรรพชาสามเณร (3) ควบคุมและส่งเสริมการศาสนศึกษา การศึกษาสงเคราะห์ การสาธารณูปการ และการสาธารณสงเคราะห์ของคณะสงฆ์ (4) รักษาหลักพระธรรมวินัยของพระพุทธศาสนา และ (5) ปฏิบัติหน้าที่อื่นๆ ตามที่บัญญัติไว้ในพระราชบัญญัติคณะสงฆ์หรือกฎหมายอื่น
พระธรรมวินัยของพระภิกษุสงฆ์มีอะไรบ้างต้องไปดูในพระไตรปิฎก โดยเฉพาะพระวินัยปิฎกซึ่งเป็นพุทธบัญญัติเกี่ยวกับความประพฤติ ความเป็นอยู่ ขนบธรรมเนียม และการดำเนินกิจการต่างๆ ของพระภิกษุและพระภิกษุณี พระวินัยปิฎกแบ่งออกเป็น 5 คัมภีร์ สองคัมภีร์แรกว่าด้วยอาบัติหนักและอาบัติเบาของพระภิกษุและพระภิกษุณีตามลำดับ
อาบัติที่หนักที่สุดคือปาราชิก ได้แก่ การเสพเมถุน ลักของเขา ฆ่ามนุษย์ และอวดอุตริมนุสธรรมที่ไม่มีในตน
ในเดือนเมษายน 2542 สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก ประทานพระลิขิตเอาไว้รวม 4 ฉบับ ฉบับลงวันที่ 26 เมษายนระบุว่า พระธัมมชโย วัดพระธรรมกาย ต้องอาบัติปาราชิก เพราะไม่ยอมคืนสมบัติที่ยักยอกไปให้แก่วัด จึงต้อง “พ้นจากความเป็นสมณะโดยอัตโนมัติ ต้องถูกจัดการอย่างเด็ดขาด”
หลังจากที่มีพระลิขิตแล้วปรากฏว่า มหาเถรสมาคมมิได้ดำเนินการสนองพระลิขิตแต่อย่างใด จนมีพระลิขิตออกมาอีกฉบับหนึ่ง มีใจความว่า ได้ทรงทำหน้าที่สมบูรณ์แล้ว และจะไม่ทรงเข้าประชุมและรับรู้ในการประชุมมหาเถรสมาคมในวันที่ 10 พฤษภาคม 2543
มหาเถรสมาคมประชุมกันอีกเมื่อวันที่ 10 กุมภาพันธ์ปีนี้ โดยมีสมเด็จพระมหารัชมังคลาจารย์ ผู้ปฏิบัติหน้าที่สมเด็จพระสังฆราชเป็นประธาน เพื่อพิจารณากรณีกรมสืบสวนคดีพิเศษแจ้งผลการสืบสวนพฤติการณ์ของพระธัมมชโยตามที่มีผู้ร้องเรียนกล่าวหา และขอทราบผลการพิจารณาดำเนินการเกี่ยวกับการต้องอาบัติปาราชิกของพระธัมมชโย
มหาเถรสมาคมมีมติว่าอัยการสูงสุดได้ถอนฟ้องพระธัมมชโยไปแล้ว (ใน พ.ศ.2549) เพราะฉะนั้นมหาเถรสมาคมจึงยุติคดีทางสงฆ์ โดยไม่ต้องพิจารณาว่าพระธัมมชโยต้องอาบัติปาราชิกหรือไม่
จะเห็นว่าแทนที่จะใช้พระธรรมวินัยเป็นหลักในการพิจารณา มหาเถรสมาคมกลับอาศัยการดำเนินคดีของอัยการสูงสุดเป็นหลักแทน เพราะฉะนั้นมหาเถรสมาคมจึงมิได้ปฏิบัติหน้าที่ตามพระราชบัญญัติคณะสงฆ์ ข้อ (4) คือรักษาหลักพระธรรมวินัยของพระพุทธศาสนา
พฤติการณ์ของมหาเถรสมาคมทำให้พุทธศาสนิกชนข้องใจสงสัยว่า เหตุใดมหาเถรสมาคมจึงปกป้องพระธัมมชโย ทั้งๆ ที่ปรากฏชัดว่าต้องอาบัติปาราชิกแล้วตามพระลิขิตของสมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก
ถ้ามหาเถรสมาคมซึ่งมีหน้าที่ปกครองคณะสงฆ์มีพฤติการณ์เช่นนี้ จะให้ชาวพุทธเชื่อและมั่นใจได้อย่างไรว่าพระภิกษุสงฆ์ในเมืองไทยยังยึดมั่นอยู่ในพระธรรมวินัย เป็นผู้ปฏิบัติดี ปฏิบัติตรง ปฏิบัติถูกทาง ปฏิบัติสมควร ควรต้อนรับและกราบไหว้?
