เมื่อวันที่ 31 มกราคม นายสมชาย แสงรัตนมณีเดช รองอธิบดีกรมสรรพากร ในฐานะโฆษกกรมสรรพากร เปิดเผยว่า ในปีนี้กรมสรรพากรนำระบบคืนภาษีผ่านพร้อมเพย์มาใช้กับการยื่นแบบแสดงรายการภาษีเงินได้บุคคลธรรมดาของปีภาษี 2559 เริ่มให้ยื่นแบบตั้งแต่วันที่ 1 มกราคม-31 มีนาคม 2560 พบว่าผู้เสียภาษีส่วนใหญ่ยินดีให้คืนผ่านระบบพร้อมเพย์ อย่างไรก็ตามขอยืนยันว่ากรมสรรพากรไม่ได้บังคับหากยังไม่ลงทะเบียนผ่านพร้อมเพย์ หรือคนยังไม่ต้องการใช้พร้อมเพย์กรมจะคืนภาษีให้ทางเช็คเหมือนปีที่ผ่านมา แต่ยอมรับว่าการคืนภาษีผ่านระบบเช็คช้ากว่าพร้อมเพย์ อาจต้องใช้เวลารอนานถึง 45 วัน เพราะกรมจะให้เวลาอีก 30 วันสำหรับคนที่ยังไม่สมัคร หลังจากนั้นถ้าไม่พบบัญชีพร้อมเพย์จึงจะออกเป็นเช็คคืนภาษีให้ ในขณะที่พร้อมเพย์จะได้รับเงินคืนเร็วสุดคือไม่เกิน 3 วัน
นายสมชายกล่าวต่อว่า ในการคืนภาษีนั้นไม่ต้องแจ้งหมายเลขบัญชีพร้อมเพย์ เมื่อผู้เสียภาษีมีรายการภาษีที่จ่ายเกิน และแจ้งว่าขอรับคืน กรมสรรพากรจะนำหมายเลขประชาชน 13 หลักที่ผูกไว้กับบัญชีธนาคารพร้อมเพย์ไปรันในระบบและโอนเงินให้ผู้ที่ได้รับเงินคืนภาษี หลังจากนั้นจะส่งข้อความ SMS แจ้งไปยังผู้เสียภาษี ซึ่งในช่วงแรกนั้นเกิดปัญหาเล็กน้อยกรณี SMS แจ้งไปก่อนที่เงินจะโอนไปถึงบัญชี ขณะนี้ปัญหาดังกล่าวหมดไปแล้ว เนื่องจากกรมได้ปรับระบบการแจ้งเตือนใหม่ รอให้เงินเข้าบัญชีผู้เสียภาษีก่อนจึงจะแจ้ง
