สำนักข่าวต่างประเทศรายงานว่า กองทัพญี่ปุ่นเร่งระดมกำลังเพื่อช่วยเหลือประชาชนที่ติดอยู่ในบ้านซึ่งถูกน้ำท่วม หลังตาของไต้ฝุ่นฮากิบิสซึ่งมีความรุนแรงที่สุดในรอบ 60 ปี ได้พัดขึ้นฝั่งญี่ปุ่นเมื่อค่ำวันที่ 12 ตุลาคม ซึ่งทำให้เกิดฝนตกหนักและลมกระโชกแรง จนกรมอุตุนิยมวิทยาของญี่ปุ่นต้องออกมาเตือนภัยในระดับสูงสุดใน 12 จังหวัด
ในช่วงเช้าของวันอาทิตย์ที่ 13 ตุลาคม ไต้ฝุ่นฮากิบิสได้เคลื่อนออกจากกรุงโตเกียวขึ้นไปทางตอนเหนือ ขณะที่มีรายงานว่าเกิดน้ำท่วมหนักทางตอนกลางของประเทศโดยเฉพาะที่จังหวัดนางาโนะ ซึ่งแม่น้ำได้เอ่อล้นตลิ่งและไหลท่วมบ้านเรือนเป็นบริเวณกว้างขึ้นไปจนถึงชั้น 2 ของบ้านพักอาศัย
ภาพจากสถานีโทรทัศน์แสดงให้เห็นว่าเฮลิคอปเตอร์ของกองทหารที่ญี่ปุ่นได้เข้าช่วยเหลือประชาชนที่ยืนรออยู่ที่ระเบียงบ้านที่มีน้ำท่วมสูง ซึ่งต้องใช้ผ้าเช็ดตัวโบกเพื่อดึงดูดความสนใจจากทหาร ขณะที่รถไฟหัวกระสุนซึ่งจอดอยู่ในนางาโนะก็ถูกน้ำท่วมขังไปถึงครึ่งโบกี้
สำนักข่าวเอ็นเอชเครายงานว่า เบื้องต้นมีรายงานผู้เสียชีวิต 4 ราย และมีผู้ได้รับบาดเจ็บอย่างน้อย 99 ราย ขณะที่อีก 17 รายสูญหาย โดยหลายคนถูกน้ำที่เชี่ยวกรากพัดหายไป
สำนักอุตุนิยมวิทยาของญี่ปุ่นได้ยกเลิกประกาศเตือนภัยในภูมิภาคคันโตซึ่งอยู่โดยรอบกรุงโตเกียวในช่วงรุ่งเช้าของวันนี้ แต่ยังคงประกาศเตือนภัยในพื้นที่ทางตอนเหนือซึ่งเป็นเส้นทางที่ไต้ฝุ่นฮากิบิสกำลังพัดผ่าน และว่าอีกหลายเมืองยังต้องเจอกับฝนที่ตกหนักอย่างที่ไม่เคยปรากฏมาก่อน จึงต้องมีการออกประกาศเตือนภัยฉุกเฉิน และถือเป็นเรื่องสำคัญสูงสุดที่ทุกคนจะต้องลงมือทำสิ่งที่จะช่วยรักษาชีวิตของตนเอง
อย่างไรก็ดี ผู้เชี่ยวชาญเตือนว่าแม้ไต้ฝุ่นฮากิบิสจะพัดผ่านกรุงโตเกียวไปแล้ว แต่สถานการณ์น้ำท่วมยังน่าจะเลวร้ายมากขึ้น เนื่องจากจังหวัดโดยรอบกรุงโตเกียวต้องเริ่มทำการปล่อยน้ำออกจากเขื่อนลงมายังพื้นที่ทางตอนล่าง ซึ่งอาจซ้ำเติมสถานการณ์ให้ย่ำแย่ลงไปอีก
ไต้ฝุ่นฮากิบิสซึ่งถือว่ามีความรุนแรงที่สุดที่พัดถล่มกรุงโตเกียวตั้งแต่ปี 1958 ทำให้เกิดฝนตกหนักจนทำสถิติใหม่ในหลายพื้นที่ ซึ่งรวมถึงเมืองฮาโกเนะ ซึ่งเป็นรีสอร์ตยอดนิยมที่มีรายงานฝนตกถึง 37 นิ้ว ในเวลาเพียง 24 ชั่วโมง
ด้านสนามบินนาริตะและฮาเนดะได้มีคำสั่งห้ามเครื่องบินลงจอด และมีการระงับการให้บริการรถไฟที่เชื่อมต่อกับสนามบินจนทำให้มีการยกเลิกเที่ยวบินเกือบ 2,000 เที่ยวบินในช่วงที่ผ่านมา เช่นเดียวกับรถไฟความเร็วสูงที่ประกาศยุติการให้บริการไปก่อนหน้านี้ แต่สำนักข่าวเอ็นเอชเครายงานว่า ในวันนี้รถไฟความเร็วสูงบางส่วนจะกลับมาให้บริการตามปกติแล้ว แต่ยังไม่ชัดเจนว่าสนามบินจะกลับมาให้บริการได้ตามปกติหรือไม่
