หลังจากชาวบ้านโคกมะกอก ต.เขาสามสิบ อ.เขาฉกรรจ์ จ.สระแก้ว ได้ทำไร่ทำนา ที่บริเวณบ้านโคกมะกอก โดยใช้รถไถ ไถพรวนดิน ได้พบลูกปัดหิน โผล่ออกจากดินจำนวนมาก ชาวบ้านจึงได้แจ้ง สำนักศิลปากรที่ 5 ปราจีนบุรี
ต่อมาสำนักศิลปากรที่ 5 ปราจีนบุรี ได้ทำการสำรวจ ขุดค้น ที่บริเวณ บ้านโคกมะกอก ต.เขาสามสิบ อ.เขาฉกรรจ์ จ.สระแก้ว โดยสำรวจครั้งแรก ในปี พ.ศ. 2539 จากการขุดค้น พบหลักฐานโครงกระดูกมนุษย์ จำนวนมาก ถูกฝังอยู่กับสิ่งของ เครื่องมือเครื่องใช้ และภาชนะเครื่องดินเผา รูปแบบต่างๆ รวมถึงชิ้นส่วนกระดูกสัตว์ ประเภทวัวและควาย แสดงถึงพิธีกรรมผี เกี่ยวข้องกับการฝังศพ สมัยก่อนประวัติศาสตร์ตอนปลาย อายุราว 2,500 – 1,500 ปีมาแล้ว ที่มีการอุทิศสิ่งของ ต่างๆ รวมทั้งอาหาร เกี่ยวกับคามเชื่อเกี่ยวกับวิญญาณ ความเชื่อในการเกิดใหม่ และอาจรวมไปถึงความเชื่อในเรื่องการเปลี่ยนสภาพจากโลกที่อาศัย อยู่ไปสู่อีกโลกหนึ่ง หรืออีกภาวะหนึ่ง แหล่งฝังศพบริเวณบ้านโคกมะกอก นี้น่าจะมีความเกี่ยวข้อง สัมพันธ์กับชุมชนในสมัยก่อนประวัติศาสตร์ ตอนปลายที่อยู่อาศัย ในบริเวณแหล่งโบราณคดี เขาฉกรรจ์และบริเวณโดยรอบ รวมทั้งมีการติดต่อแลกเปลี่ยน สินค้าและวัฒนธรรม กับอินเดีย
หลังจากที่ขุดค้นในครั้งนั้น จนถึงปัจจุบัน เวลาล่วงเลยมา 20 ปี สภาพบริเวณที่เคยขุดค้น อยู่ในสภาพ เป็นทุ่งนา มีเพียงศาลที่ชาวบ้านสร้างขึ้น เพื่อให้ชาวบ้านที่ผ่านไปมาได้กราบไหว้บูชา เท่านั้น
ต่อมา ในปีงบประมาณ 2559 สำนักศิลปากรที่ 5 ปราจีนบุรี มีโครงการสำรวจ ขุดค้นแหล่งโบราณคดี บ้านโคกมะกอก อ.เขาฉกรรจ์ จ.สระแก้ว อีกครั้ง โดยใช้ประมาณ จากกองทุนโบราณคดี 250,000 บาท โดยมี นายศิขรินทร์ ศรีสุวิทธานนท์ นักโบราณคดีปฏิบัติการ และ น.ส.หทัยชนก วินิจสร นักโบราณคดีปฏิบัติการ เป็นเจ้าหน้าที่ ประจำโครงการ ควบคุมในการขุดค้น
วัตถุโบราณที่ขุดพบ ในความลึกประมาณ 1 เมตร ที่พบส่วนใหญ่จะเป็นเศษหม้อ ไฟ และกระดูกของสัตว์ ที่แตกกระจัดกระจาย ยังไม่พบวัตถุโบราณที่มีลักษณะสมบูรณ์แต่อย่างใด
สำหรับระเบียบข้อปฏิบัติที่ผู้ที่จะเข้าไปดู ทางเจ้าหน้าที่ประจำโครงการได้ตั้งข้อปฏิบัติ ติดไว้หน้าทางเข้า ภายในเต็นท์ มีข้อความว่า กฎในการเยี่ยมชม หลุมขุดค้นแหล่งโบราณคดี 1.อย่ายืนใกล้ปากหลุมขุดค้น เนื่องจากอาจทำให้ขอบผนังทรุดได้ 2.ห้ามลงไปในหลุมขุดค้น 3. กรุณาอย่าโยนวัตถุสิ่งของทุก ประเภทลงในหลุมขุดค้น 4.ห้ามจุดธูปบริเวณหลุมขุด 5. ห้ามสูบบุหรี่ในบริเวณหลุมขุด ในระยะ 20 เมตร 6. ห้ามหยิบโบราณวัตถุขึ้นจากบริเวณที่ตากโบราณวัตถุ
