เมื่อวันที่ 4 กันยายน เวลา 10.00 น. นายวุฒิชาติ กัลยาณมิตร ผู้ว่าการการรถไฟแห่งประเทศไทย นายสุริยะ อมรโรจน์วรวุฒิ ผู้ว่าราชการจังหวัดปัตตานี พล.ต.ต.สาคร ทองมุณี รอง ผบช.ศชต. และคณะ ได้เดินทางไปตรวจที่เกิดเหตุเพื่อสำรวจความเสียหายที่เกิดขึ้น พร้อมทั้งให้กำลังใจเจ้าหน้าที่การรถไฟ เพื่อเป็นขวัญและกำลังใจในการปฏิบัติหน้าที่ในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ต่อไป จากนั้นเดินทางไปเยี่ยมผู้ได้รับบาดเจ็บที่ยังคงนอนรักษาตัวอยู่ที่โรงพยาบาลโคกโพธิ์ จ.ปัตตานี จำนวน 3 ราย ประกอบไปด้วย นายอำนวย มาแปะ อายุ 50 ปี เป็นนายสถานีรถไฟลาโละ จ.นราธิวาส นายดลเลาะ บินกอเต๊บ เป็นเจ้าหน้าที่ อส.อ.หาดใหญ่ ทำหน้าที่ดูแลความปลอดภัยบนขบวนรถไฟ และนางสุพิศ สุวรรณี เป็นพนักงานรถไฟฝ่ายบริการ โดยทั้งสามได้รับบาดเจ็บจากแรงระเบิด แพทย์ได้ช่วยเหลือจนปลอดภัยแล้ว โดยผู้ว่าการการรถไฟได้มอบกระเช้าของขวัญและเงินช่วยเหลือเบื้องต้น เพื่อเป็นขวัญกำลังใจให้กับผู้บาดเจ็บ
นายวุฒิชาติเปิดเผยว่า รู้สึกเสียใจต่อเหตุการณ์ที่เกิดขึ้น นอกจากความเสียหายที่เกิดขึ้น มีการเสียชีวิตของผู้ปฏิบัติงาน ผู้โดยสารและเจ้าหน้าที่ผู้ดูแลด้านความปลอดภัย ก็เป็นเรื่องที่น่าเสียใจและทรัพย์สินของทางราชการเสียหาย และผลกระทบที่เกิดขึ้น ทางการรถไฟในช่วงนี้ก็ต้องหยุดให้บริการให้กับประชาชนตั้งแต่ อ.หาดใหญ่ จนถึง อ.สุไหงโก-ลก เนื่องจากเส้นทางได้รับความเสียหาย ไม่สามารถเดินรถได้ และต้องดูในเรื่องของความปลอดภัย ให้มั่นใจได้ 100 เปอร์เซ็นต์ หากจะต้องเดินรถอีกครั้งหนึ่ง ความปลอดภัยจะต้องมี 100 เปอร์เซ็นต์ ในส่วนระยะเวลาในการซ่อมทางรถไฟคาดว่าจะต้องใช้เวลา 4-5 วัน อาจจะแล้วเสร็จ แต่วันนี้ต้องเช็กก่อนว่าเจ้าหน้าที่สามารถเข้ามาปฏิบัติงานได้หรือไม่ ด้านการรักษาความปลอดภัยในขณะนี้ทางเจ้าหน้าที่ก็ปฏิบัติหน้าที่ได้ดีอยู่แล้ว แต่อาจจะมีข้อจำกัดในพื้นที่ที่รับผิดชอบกับจำนวนบุคลากรที่มีอยู่ ซึ่งอาจจะก่อให้เกิดช่องว่างขึ้นมาบ้าง แต่ก็จะพยายามปรับในเรื่องของการดำเนินการให้กลับมาให้เกิดประสิทธิภาพสูงสุด
ส่วนความคืบหน้าในการสืบสวน เจ้าหน้าที่ชุดปฏิบัติการพิเศษร่วมได้ปิดล้อมและควบคุมตัวผู้ต้องสงสัยรายหนึ่งไปซักถามขยายผลที่หน่วยซักถามค่ายอิงคยุทธบริหาร อ.หนองจิก จ.ปัตตานี จากรายงานพบว่าบุคคลดังกล่าวเป็นผู้เคยร่วมก่อเหตุลอบวางระเบิดในพื้นที่ จากผลซักถามมุ่งเป้าไปยังกลุ่มผู้ก่อเหตุว่าเป็นกลุ่มไหน และร่วมในการก่อเหตุด้วยหรือไม่ การตรวจสอบในขั้นต้นทราบกลุ่มผู้ลงมือก่อเหตุในครั้งนี้แล้ว เป็นกลุ่มนอกพื้นที่ถูกมอบหมายให้เข้ามากระทำการก่อเหตุในครั้งนี้ และในเชิงลึกแนวทางการสอบสวนสามารถทราบตัวกลุ่มผู้ลงมือก่อเหตุในครั้งนี้แล้วบางคน ซึ่งล้วนแต่เป็นคนจากนอกพื้นที่ อย่างไรก็ตามผลการสอบสวนยังไม่เป็นที่เปิดเผย แต่ทางชุดสืบสวนสอบสวนระบุมีความมั่นใจและเตรียมการเข้าติดตามเป้าหมายแล้ว
ด้านหน่วยข่าวด้านความมั่นคงระบุว่า การก่อเหตุในครั้งนี้จากการตรวจสอบในเชิงลึกพบเบาะแสว่าเป็นการกระทำของกลุ่มขบวนการที่ไม่เห็นด้วยกับการเจรจาของกลุ่มตัวแทนผู้เห็นต่างจากรัฐกับตัวแทนกลุ่มเจรจาฝ่ายรัฐบาลไทย เนื่องจากความขัดแย้งกันเรื่องแนวความคิดเห็นบางอย่าง ทำให้แกนนำบางคนไม่ขอเข้าร่วมในกลุ่มเจรจาในภายหลัง และการก่อเหตุตั้งไว้ 2 ประเด็นคือ ต้องการแสดงศักยภาพให้เห็นต่อโต๊ะเจรจา และในส่วนของการก่อเหตุของกลุ่มที่ไม่เห็นด้วย เนื่องจากไม่ได้รับความสำคัญต่อโต๊ะเจรจา
