เมื่อเวลา 09.00 น. วันที่ 10 มีนาคม 2560 พ.ต.อ.ไพสิฐ วงศ์เมือง อธิบดีกรมสอบสวนคดีพิเศษ (ดีเอสไอ) และ พ.ต.อ.สุริยา สิงหกมล รองอธิบดีดีเอสไอ นำกำลังเข้าตรวจค้นภายในพื้นที่ 196 ไร่ของวัดพระธรรมกาย โดยมีพระเทพรัตนสุธี เจ้าคณะจังหวัดปทุมธานี นายสุรชัย ขันอาสา ผู้ว่าราชการจังหวัดปทุมธานี นายสมศักดิ์ โตรักษา ผู้แทนสมเด็จพระพุทธชินวงศ์ เจ้าคณะใหญ่หนกลาง พระวินยาธิการ เข้าร่วมตรวจค้นด้วย
จุดแรกที่เจ้าหน้าที่เข้าตรวจค้นคืออาคาร 100 ปี คุณยายอาจารย์ โดยมี พ.ต.อ.ไพสิฐนำกำลังเข้าตรวจค้น ขณะที่ในส่วนอาคารปุโรหิตา เป็นอาคารอเนกประสงค์และที่พักสงฆ์ มี พ.ต.ต.สุริยาเข้าตรวจค้น ไม่พบสิ่งผิดปกติ จากนั้นจึงเข้าตรวจค้นจุดที่สองคืออาคารมหาพรหม เป็นอาคารที่ใช้ในการเรียนการสอนพระไตรปิฎกนานาชาติ ห้องสมุดนานาชาติ จุดที่สามคือโรงปั้นพระเดิม ปัจจุบันไม่ได้ใช้งาน และจุดที่สี่มหาวิหารคุณยายอาจารย์ เป็นห้องนั่งสมาธิ ทั้งนี้ จุดดังกล่าวเป็นจุดที่เจ้าหน้าที่สงสัยว่าจะมีห้องลับ สำหรับการนำตรวจค้นครั้งนี้มีพระมหานพพร นำตรวจค้น และยืนยันเป็นห้องระบบอากาศและห้องเก็บของ ที่มีทางเชื่อมเหมือนอาคารภาวนา 60 ปี
จากนั้น พ.ต.ต.สุริยาขอเข้าตรวจอาคารพุทธศิลป์ พบเต็นท์และการจัดระบบความปลอดภัย ต่างจากการตรวจค้นในครั้งแรก ภายในมีห้องพัก สำหรับการตัดต่อภาพ และห้องอาหาร ไม่พบสิ่งผิดปกติ
ต่อมาเจ้าหน้าที่เข้าตรวจค้นอาคารลูกโลก อาคาร 100 ปี 15 ชั้น จะตรวจค้นให้ครบพื้นที่ 196 ไร่ โซนเอ บี และจะตรวจอาคารบุญรักษา โซนดี ด้วย
อย่างไรก็ดี จนถึงเวลา 12.00 น. ยังไม่พบพระธัมมชโย หรือสิ่งผิดปกติใดๆ
