เมื่อวันที่ 4 ตุลาคม นายสุภัทร จำปาทอง เลขาธิการคณะกรรมการการอุดมศึกษา (กกอ.) เปิดเผยว่า ตามที่ พล.อ.ดาว์พงษ์ รัตนสุวรรณ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ (ศธ.) มอบหมายให้ศึกษาแนวทางการปรับโครงสร้างแยกการอุดมศึกษาออกจาก ศธ.นั้น ตนได้หารือกับคุณหญิงสุมณฑา พรหมบุญ ประธาน กกอ. เบื้องต้นเห็นว่าการแยกอุดมศึกษา มี 3 แนวคิด คือ 1.กระทรวงอุดมศึกษา 2.กระทรวงการอุดมศึกษาและวิจัย และ 3.ทบวงอุดมศึกษา ซึ่งแนวคิดที่ 1 และ 3 น่าจะมีความเป็นไปได้ ขณะที่ประธาน กกอ.เห็นด้วยกับแนวคิดที่ 3 อย่างมาก อย่างไรก็ตามทุกฝ่ายเห็นตรงกันว่าเมื่อปรับโครงสร้างแล้วสิ่งที่ต้องมีคือสามารถแก้ปัญหาคุณภาพและธรรมาภิบาล อีกทั้งยังมีสิทธิที่จะเข้าไปแทรกแซงการทำงานของสถาบันอุดมศึกษาที่ดำเนินการไม่ถูกต้องได้ด้วย แต่ที่ขาดไม่ได้จะต้องให้อิสระทางวิชาการกับสถาบันอุดมศึกษา เพื่อความเป็นเลิศทางวิชาการ อย่างไรก็ตาม เรื่องนี้จะต้องหารือกับประธาน กกอ.และสภานิติบัญญัติแห่งชาติ (สนช.) อีกครั้ง

