เมื่อเวลา 10.00 น.วันที่ 29 เมษายน ที่ศาลปกครองกลาง ถนนแจ้งวัฒนะ นายพีระพล เหมรัตน์ รองประธานชุมชน ป้อมมหากาฬและชาวชุมชนประมาณ 30 คน ยื่นฟ้อง กรุงเทพมหานคร ผู้ว่ากรุงเทพมหานคร คณะกรรมการอนุรักษ์และพัฒนากรุงรัตนโกสินทร์และเมืองเก่า เป็นผู้ถูกฟ้องที่ 1-3 ต่อศาลปกครองกลาง โดยขอให้เพิกถอนประกาศกรุงเทพมหานครลงวันที่ 28 มีนาคม 2529 เรื่องให้ชุมชนป้อมมหากาฬรื้อย้ายสิ่งปลูกสร้างภายในชุมชนป้อมมหากาฬออกจากพื้นที่ภายในวันที่ 30 เมษายน รวมทั้งขอให้เพิกถอนแผนแม่บทการอนุรักษ์และพัฒนากรุงรัตนโกสินทร์และเมืองเก่าของคณะกรรมการอนุรักษ์และพัฒนากรุงรัตนโกสินทร์และเมืองเก่า ในส่วนที่กำหนดให้ใช้พื้นที่บริเวณชุมชนป้อมมหากาฬเป็นสวนสาธารณะเนื่องจากขัดต่ออำนาจหน้าที่ตามกฎหมาย และมีคำสั่งให้ผู้ถูกฟ้องปฏิบัติตามข้อตกลง 3 ฝ่ายที่มีการทำขึ้นเมื่อวันที่ 7 ธันวาคม 2558 พร้อมขอให้ศาลไต่สวนฉุกเฉินเพื่อมีคำสั่งระงับประกาศกรุงเทพมหานครที่ให้ชุมชนรื้อถอนสิ่งปลูกสร้างภายในชุมชนออกภายในวันที่ 30 เมษายนไว้ก่อนจนกว่าศาลจะมีคำพิพากษา
นายพีระพล กล่าวว่า ทางชุมชนเห็นว่ากรุงเทพมหานครควรยึดและปฏิบัติตามข้อตกลง 3 ฝ่ายที่กรุงเทพมหานคร กรมศิลปากร และชุมชนทำร่วมกันสมัยนายอภิรักษ์ โกษะโยธิน เป็นผู้ว่าฯกทม.ในการที่จะอนุรักษ์และพัฒนาชุมชนดังกล่าวเป็นชุมชนบ้านไม้โบราณเป็นพื้นที่ศึกษาประวัติศาสตร์ วัฒนธรรมและวิถีชีวิตชุมชน กทม.ได้หยุดดำเนินการไปหลังนายอภิรักษ์พ้นจากตำแหน่ง และต้องไม่ละเลยรายงานผลวิจัยต่างๆที่ชี้ว่า แผนการสร้างสวนสาธารณะภายในชุมชน ตามแผนแม่บทการอนุรักษ์และพัฒนากรุงรัตนโกสินทร์และเมืองเก่าไม่สอดคล้องกับวิถีชีวิตของประชาชน ล้าสมัย ทำลายวิถีชีวิตความเป็นกรุงรัตนโกสินทร์ เท่ากับว่าการดำเนินการของคณะกรรมการอนุรักษ์และพัฒนากรุงรัตนโกสินทร์และเมืองเก่า จึงเป็นการกระทำที่ขัดต่ออำนาจหน้าที่ตามกฎหมาย ที่ผ่านมาทางชุมชนพยายามเจรจากับกรุงเทพมหานคร รวมถึงเสนอแนวทางคนอยู่ร่วมกับสวนสาธารณะ โดยชาวบ้านยังคงอยู่อาศัยในชุมชนและอาสาจะดูแลสวนสาธารณะที่กรุงเทพมหานครมีแนวคิดจะสร้างขึ้น แต่กรุงเทพมหานครไม่รับฟัง พยายามจะใช้กฎหมายเข้าบังคับให้ชาวชุมชนต้องย้ายออกไป จึงต้องยื่นฟ้องคดีต่อศาลปกครอง
อย่างไรก็ดีในเวลาต่อมา ศาลปกครองมีคำสั่งไม่รับไต่สวนฉุกเฉิน แต่มีเอกสารแจ้งคู่ความว่ารับฟ้องและจะเร่งพิจารณาคดีโดยเร็ว