เมื่อวันที่ 6 มกราคม น.ส.อาภรณ์ แก่นวงศ์ เลขาธิการคณะกรรมการการอุดมศึกษา (กกอ.) เปิดเผยกรณีที่มีคำสั่งจากหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ (คสช.) ที่ 1/2559 เรื่อง ประกาศรายชื่อเจ้าหน้าที่ของรัฐที่อยู่ระหว่างการถูกตรวจสอบเพิ่มเติม ครั้งที่ 3 ที่มีคำสั่งให้ นายสุเมธ แย้มนุ่น รักษาการอธิการบดีมหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์ ระงับการปฏิบัติราชการหรือหน้าที่ในตำแหน่งเดิม ว่า ก่อนหน้านี้สำนักงานตรวจเงินแผ่นดิน (สตง.) ได้ส่งหนังสือแจ้งมายัง พล.อ.ดาว์พงษ์ รัตนสุวรรณ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ (ศธ.) ให้ยกเลิกการแต่งตั้งรักษาการอธิการบดี โดยระบุว่ามีพฤติการณ์น่าเชื่อถือว่าเป็นการทุจริตอย่างร้ายแรง พร้อมทั้งเสนอให้ดำเนินการทางอาญาและทางแพ่ง กับนายกสภามหาวิทยาลัย และรักษาการอธิการบดีมหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์ อีกทั้งให้ดำเนินการถอดถอนจากกรรมการสภามหาวิทยาลัย ซึ่งทาง พล.อ.ดาว์พงษ์ ได้ขอตรวจสอบข้อมูลเรื่องดังกล่าวก่อน โดยมอบหมายให้สำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา (สกอ.) รวบรวมข้อมูลทั้งหมด และเสนอให้รัฐมนตรีว่าการ ศธ.พิจารณาต่อไป ทั้งนี้การที่ คสช.ใช้มาตรา 44 สั่งระงับการปฏิบัติราชการของนายสุเมธนั้น ไม่มีผลกับการสรุปข้อมูลที่รัฐมนตรีว่าการ ศธ.มอบหมายไว้แต่อย่างใด
