เวลา 06.00 น.วันที่ 16 มิถุนายน ที่บริเวณหน้าศูนย์ปฎิบัติการส่วนหน้า จังหวัดปทุมธานี พล.ต.อ.ศรีวราห์ รังสิพราหมณกุล รอง ผบช.ตร. พ.ต.อ.ไพสิฐ วงศ์เมือง อธิบดีกรมสอบสวนคดีพิเศษหรือดีเอสไอ พ.ต.ท.สมบูรณ์ สาระสิทธิ์ รองอธิบดีดีเอสไอ พล.ต.ท.ชัยวัฒน์ เกตุวนชัย ผบช.ภ.1 พล.ต.ต.เมธี กุศลสร้าง รองผบช.ภ.1 พล.ต.ต.ถาวร ขาวสะอาด ผบก.ภ.จ.ปทุมธานี และนายผาชัย โปรริยานนท์ นอภ.คลองหลวง เดินทางเข้าตรวจกำลังพลตามแผน “กบิล 59” ที่จะใช้ในการเข้าตรวจค้นวัดพระธรรมกาย พร้อมกำชับเจ้าหน้าที่ตำรวจเข้าตรวจค้นอย่างละมุลละม่อมภายหลังที่ศาลอนุมัติหมายค้น โดยระดมกำลังเจ้าหน้าที่ตำรวจจากกองกำกับการตำรวจภูธรภาค 1 จำนวน 4 กองร้อย พร้อมด้วยกองร้อยควบคุมฝูงชน พร้อมอุปกรณ์ป้องกัน ทีมแพทย์และรถพยาบาลจากโรงพยาบาลตำรวจ รถดับเพลิง ซักซ้อมการใช้เครื่องขยายเสียง เพื่อดำเนินมาตรการจากเบาไปหาหนัก โดยเจ้าหน้าที่ที่เกี่ยวข้องเริ่มเข้าสู่ห้องประชุมศูนย์ปฏิบัติการส่วนหน้า ตำรวจภูธรจังหวัดปทุมธานี เพื่อหารือและซักซ้อมแผนการปฏิบัติ

โดย พล.ต.อ.ศรีวราห์ กล่าวว่า ผู้บัญชาการตำรวจแห่งชาติ ได้มอบหมายให้ตนเองลงพื้นที่เพื่อดูแลความเรียบร้อยตามที่ดีเอสไอได้ร้องขอมา ส่วนการเข้าตรวจค้นนั้น เป็นหน้าที่ของดีเอสไอ เพราะเป็นผู้ขอหมายค้นจากศาล ในส่วนการประสานเพื่อเข้าพื้นที่วัดนั้น เป็นหน้าที่ของพนักงานสอบสวน ส่วนตัวไม่กังวลว่าจะมีการปะทะใดๆ เพราะเราทำตามหน้าที่ เข้าตรวจค้นตามหมายศาล ทั้งนี้เชื่อว่าจะไม่มีปัญหาเรื่องของมือที่ 3 แม้ว่าจะมีข้อมูลทางการข่าวเข้ามาบ้าง อย่างไรก็ตาม ได้เฝ้ากำชับให้เจ้าหน้าที่ระมัดระวังเรื่องของความวุ่นวาย ซึ่งหากเกิดขึ้นจะต้องว่าไปตามกฎหมาย พร้อมกำชับเจ้าหน้าที่ทุกฝ่ายต้องปฏิบัติการอย่างนิ่มนวล ส่วนความเคลื่อนไหวภายในวัดนั้น เบื้องต้นทราบว่ามีผู้ที่อยู่ในวัดราวๆ 8,000 คน โดยฝากบอกผู้ที่อยู่ในวัดว่า ทุกคนในประเทศจะต้องอยู่ภายใต้กฎหมาย
ด้านพ.ต.ท.สมบูรณ์ สาระสิทธิ์ รองอธิบดีดีเอสไอ กล่าวว่า การเข้าตรวจค้นภายในวัดนั้น จะเริ่มต้นในเวลาประมาณ 08.00-09.00 น. โดยพ.ต.ต.สุริยา สิงหกมล รองอธิบดีดีเอสไอ จะเป็นผู้ถือหมายศาลเข้าไปในวัด คาดว่าจะใช้ช่องทางประตู 7 และทางดีเอสไอและสำนักงานตำรวจแห่งชาติ จะมีการประเมินความเสี่ยงอยู่ตลอด หากไม่สามารถจับกุมตัวพระเทพญาณมหามุนี หรือพระธัมมชโยได้หรือไม่ จะต้องมีการประเมินสถานการณ์อีกครั้ง อย่างไรก็ตาม เชื่อว่า พระธัมมชโย ยังคงอยู่ภายในวัด และขอร้องมวลชนในวัดว่าอย่าให้เกิดความรุนแรงใดๆ ขึ้น
เวลา 08.00 น.ที่ประตูที่ 7 ได้มีศิษย์ธรรมกาย ในชุดขาว นั่งสมาธิท่ามกลางสายฝนโปรยปราย โดยมีเสียงจากเครื่องขยายเสียง ให้ทุกคนนั่งสมาธิ หันหน้าไปทางวิหารหลวงปู่สด ซึ่งเป็นการหันหลังสู่ประตูทางเข้า และขวางทางเข้า มีการประกาศให้ทำใจนิ่งๆ ตามหลักวิชาธรรมกาย ไม่ว่าจะเกิดอะไรขึ้น นั่งนิ่งๆ ไม่ส่งเสียง ส่วนบริเวณภายนอก ได้มีศิษย์ธรรมกายกว่า 100 คนมายืนเข้าแถวเพื่อให้กำลังใจพระธัมมชโย


ต่อมาเวลา 09.00 น. เจ้าหน้าที่ดีเอสไอเดินทางเข้ามายังภายในวัดพระธรรมกาย ด้านประตู 7 พร้อมนำหมายค้นศาลอาญา รัชดา เลขที่ 183/2559 ลงวันที่ 15 มิถุนายน 2559 เพื่อขอตรวจค้นอาคารและสิ่งปลูกสร้างทุกแห่ง ภายในเนื้อที่ 196 ไร่ และเพื่อพบและจับกุมบุคคลตามหมายจับ คือพระธัมมชโย แสดงให้พระสนิทวงส์ วุฑฒิวังโส ผอ.สำนักสื่อสารองค์กรวัดพระธรรมกาย ซึ่งเป็นตัวแทน ตรวจสอบ ก่อนจะพากันเข้าไปภายในแนวรั้วเหล็กกั้น เพื่อไปเจรจาต่อในห้องรับรองและไม่อนุญาตให้สื่อมวลชนเข้าไปภายในแนวรั้วเหล็ก ขณะเดียวกันภายในรั้วเหล็กดังกล่าวมีประชาชนนุ่งขาวห่มขาว มานั่งสมาธิ ปฏิบัติธรรมกันเป็นจำนวนมาก


เวลา 09.10 น. ศิษย์ธรรมกายที่ทยอยเดินทางเข้าปักหลักนั่งสมาธิเพิ่มจำนวนขึ้นนับ 10,000 คน ส่วนฝนที่โปรยปรายได้หยุดลง โดยมีสื่อมวลชนกว่า 400 คน ยังคงเกาะติดสถานการณ์ ซึ่งเจ้าหน้าที่ดีเอสไอ และพระสงฆ์วัดพระธรรมกาย ได้เข้าไปในจุดติดต่อสอบถามของประตู 7 ซึ่งไม่สามารถเข้าไปตรวจค้นได้เพราะยังมีการเจรจากันอยู่
เวลา 09.20 น. เจ้าหน้าที่ รปภ. ตรวจตราเข้มงวด เปิดให้เข้าเฉพาะสื่อมวลชนที่แสดงบัตรเท่านั้น และมีเสียงประกาศจากประชาสัมพันธ์วัดพระธรรมกายให้ผู้ที่นั่งปฏิบัติธรรมคงนั่งนิ่งๆ ส่วนลูกศิษย์ทั่วไปที่เพิ่งเดินทางมาถึงให้ไปใช้ประตู 5 แทน


ต่อมาเวลา 09.30 น. พ.ต.ต.สุริยา สิงหกมล รองอธิบดีกรมสอบสวนคดีพิเศษ (ดีเอสไอ) และ พระสนิทวงส์ วุฑฒิวังโส ผอ.สำนักสื่อสารองค์กรวัดพระธรรมกาย ร่วมแถลงข่าวถึงกรณีการเข้ายื่นหมายค้นดังกล่าว โดยพ.ต.ต.สุริยา เปิดเผยว่า ขณะนี้ได้ยื่นหมายค้นให้กับตัวแทนวัดพระธรรมกายเรียบร้อยแล้ว พร้อมทั้งได้เจรจาแล้วเช่นกัน ได้รับความร่วมมือจากทางวัดอย่างดี อย่างไรก็ตาม วันนี้มีญาติโยมและลูกศิษย์มาให้กำลังใจพระธัมมชโยอย่างมาก ดังนั้นเจ้าหน้าที่ต้องขอความร่วมมือลูกศิษย์ พระในวัด และญาติโยมที่มาร่วมกันในวันนี้ให้เจ้าหน้าที่เข้าตรวจสอบภายในให้ผ่านไปด้วยดี ทั้งนี้ พล.อ.ไพบูลย์ คุ้มฉายา รมว.ยุติธรรม ได้กำชับให้ดำเนินการให้เรียบร้อย โดยต้องไม่มีใครได้รับบาดเจ็บ หรืออันตราย ละมุนละม่อม
ขณะที่พระสนิทวงส์ วุฑฒิวังโส กล่าวว่า ยืนยันว่าพระธัมมชโยยังอาพาธหนัก และรักษาตัวโดยแพทย์ผู้เชี่ยวชาญอยู่ภายในวัดพระธรรมกายตามที่เคยให้ข่าวกับสื่อมวลชนไป และท่านยังไม่ได้หลบหนีไปไหน และยืนยันจะให้ความร่วมมือกับเจ้าหน้าที่ในการเข้าตรวจค้นอย่างเต็มที่

ต่อมา 10.00 น.ทางคณะศิษย์วัดพระธรรมกายได้ออกหนังสือชี้เเจงต่อสื่อมวลชนโดยใจความสาระสำคัญระบุว่า ขณะนี้พระธัมมชโยมีอาการอาพาธรุนแรง และพระธัมมชโย ควรเข้าสู่กระบวนการยุติธรรมก็ต่อเมื่อบ้านเมืองเข้าสู่สภาวะปกติ และเป็นประชาธิปไตยโดยสมบูรณ์แล้วเท่านั้น เพราะหากบ้านเมืองไม่เป็นประชาธิปไตย ย่อมขาดสิทธิเสรีภาพในกระบวนการยุติธรรม และข้อกล่าวหาที่ดีเอสไอแจ้งต่อพระธัมมชโย มีอายุความ 15 ปี การที่รอให้บ้านเมืองกลับเข้าสู่สภาวะปกติ จึงไม่ได้เป็นการล่าช้าต่อรูปคดีและการดำเนินคดี อีกทั้งอยากให้มีการเร่งรัดเรื่องการแต่งตั้งสมเด็จพระสังฆราชโดยเร็ว


ต่อมาเวลา 12.00 น. ผู้สื่อข่าวรายงานว่า ตร.สภ.คลองหลวงได้รวจยืดรถสิบล้อไม่มีแผ่นป้ายยทะเบียน บรรทุกเสาปูนจำนวน 8 เสา จอดกีดขวางถนนตั้งแต่เช้าที่บริเวณถนนเลียบคลองแอนระหว่างคลอง 2 และคลอง 3 โดยเจ้าหน้าที่ได้ยึดไว้ ขณะที่บรรยากาศบริเวณวัดพระธรรมกายมีฝนตกลงมาเป็นระยะ โดยศิษย์ธรรมกายที่ยังคงปักหลักเฝ้าให้กำลังใจเนื่องจากเชื่อในความบริสุทธิ์ของตัวหลวงพ่อธมมชโย มีการเริ่มประกอบอาหารรับประทานกันบริเวณใต้สะพานหน้าประตู 7 ถนนบางขันธ์หนองเสือ
ด้านดีเอสไอ ขณะนี้ได้เข้าตรวจค้นภายในวัดพระธรรมกายเป็นระยะเวลา 2 ชั่วโมงแล้วและหากดีเอสไอใช้เวลา ค้นถึงเวลา 18.00 น.แล้ว ยังไม่ครอบคลุมก็จะต้องไปรายงานศาลและขอหมายค้นใหม่
ขณะที่ศูนย์ปฎิบัติการส่วนหน้าจังหวัดปทุมธานี อำเภอคลองหลวง จ.ปทุมธานี พล.ต.อ.ศรีวราห์ รังสิพราหมณกุล รอง ผบ.ตร. พร้อมด้วยนายสุรชัย ขันอาสา ผู้ว่าราชการจังหวัดปทุมธานี คอยติดตามสถานการณ์ อย่างใกล้ชิดภายในศูนย์ปฎิบัติการส่วนหน้าในครั้งนี้ อีกทั้งยังมีการเตรียมการกำลังเจ้าหน้าที่ตำรวจทั้ง400กองร้อยและรถพยาบาลเตรียมไว้เผื่อเกอดเหตุการณ์ความรุนแรงเกิดขึ้น
พล.ต.อ.ศรีวราห์ รังสิพราหมณกุล รอง ผบ.ตร.เปิดเผยว่าขณะนี้เหตุการณ์ภายในวัดยังคงเป็นไปด้วยความปกติทางตำรวจที่มีทั้งหมด400กองร้อยหรือจำนวน450นายยังไม่มีการเคลื่อนไหวหากไม่มีเหตุการความรุนแรงเกิดขึ้น


