วันที่ 24 พฤศจิกายน 2559 หลังจากการประชุมคณะกรรมการแห่งชาติ ว่าด้วยอนุสัญญาคุ้มครองมรดกโลก ซึ่งมี พล.อ.ประวิตร วงษ์สุวรรณ รองนายกรัฐมนตรี เป็นประธานเมื่อวันที่ 23 พฤศจิกายนที่ผ่านมา และมีการตำหนิการบริหารจัดการอนุรักษ์และพัฒนาอุทยานประวัติศาสตร์พระนครศรีอยุธยา ในหลายประเด็น ซึ่งล่าสุด นายประทีป เพ็งตะโก ผู้อำนวยการสำนักศิลปากรที่ 3 เปิดเผยว่า การอนุรักษ์และพัฒนาอุทยานประวัติศาสตร์พระนครศรีอยุธยานั้น ได้ดำเนินการไปตามแผนแม่บท ซึ่ง ครม.อนุมัติแต่ปี 2536 โดยในส่วนของการบูรณะวัดทั้ง 16 แห่งนั้น ( 1.วัดพระศรีสรรเพชญ์ 2.วัดมหาธาตุ 3.วัดราชบูรณะ 4.วัดพระราม 5.วัดป่าสัก 6.วัดสะพานนาค 7.วัดส้ม 8.วัดเจ้าพราหมณ์ 9.วัดมหาสมัน 10.วัดหลวงชีกรุด 11.วัดวังชัย 12.วัดโพง 13.วัดพระงาม 14.วัดชุมแสง15.วัดสังขปัต และ 16.วัดไตรตรึง ) พบว่าทั้งหมดเป็นพื้นที่วัดร้าง กรมศิลปากรเข้าไปดำเนินการทั้งหมด
และรายละเอียดที่ได้รับการติติงมาคือ การใช้วัสดุที่ไม่ได้เป็นแบบโบราณอย่างแท้จริง เช่นปัจจุบันใช้ปูนซีเมนต์ขาวเป็นตัวเชื่อมอิฐแบบโบราณ โดยทางคณะกรรมการ ฯ เสนอให้ใช้ปูนแบบโบราณ หรือปูนตำปูนหมักแทน ซึ่งขอรับไปศึกษาขอดีข้อเสียและความเหมาะและความคงทน
ส่วนประเด็นรกรุงรังของสิ่งก่อสร้างใหม่ ขอขี้แจงว่าในพื้นที่อนุญาตก่อสร้างบนเกาะเมืองกรุงเก่า มี 3 หน่วยงานดูแล คือ กรมศิลปากร กรมธนารักษ์ และเทศบาลนครพระนครศรีอยุธยา ต่อไปจะเข้มในเรื่องการตรวจสิ่งก่อสร้างเก่า และการขอก่อสร้างใหม่ ให้ถูกต้องตามรูปแบบ ขนาด ความสูง ซึ่งมีกำหนดชัดเจนอยู่แล้ว นอกจากนี้จะเข้มในเรื่อการวางสิ่งของร้านค้าในพื้นที่โบราณสถาน
สำหรับการย้ายทัณฑสถานบำบัดพิเศษพระนครศรีอยุธยา ซึ่งอยู่กลางเกาะเมืองออกไปนั้น อยู่ในแผนแม่บทเช่นกัน และทางกรมราชทัณฑ์ เคยแจงว่าเห็นชอบสมควรย้าย แต่ติดขัดขาดงบประมาณดำเนินการ โดยหากย้ายออกไป จะใช้พื้นที่ดังกล่าวเพื่อปรับภูมิทัศน์ คืนความเป็นมรดกโลก และเป็นส่วนขยายของศูนย์บริหารนักท่องเที่ยวตรงศาลากลางหลังเก่า ที่อยู่ติดกัน
