เมื่อวันที่ 17 กุมภาพันธ์ 2560 ผู้สื่อข่าวรายงานการบุกค้นเพื่อจับกุมพระธัมมชโยเป็นวันที่สองว่า ที่วัดพระธรรมกาย ต.คลองสาม อ.คลองหลวง จ.ปทุมธานี เมื่อเวลา 08.00 น. เจ้าหน้าที่กรมสอบสวนคดีพิเศษ (ดีเอสไอ) พร้อมเจ้าหน้าที่ตำรวจและทหารได้ส่งกำลังเข้าตรวจค้นภายในวัดพระธรรมกาย โดยอาศัยคำสั่งหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ (คสช.) ที่ 5/2560 ลงวันที่ 15 กุมภาพันธ์ 2560 พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรีและหัวหน้า คสช. ใช้อำนาจตามมาตรา 44 ของรัฐธรรมนูญ ฉบับชั่วคราว พ.ศ.2557 ให้วัดและพื้นที่โดยรอบวัดพระธรรมกายเป็นพื้นที่ควบคุมเพื่อการบังคับใช้กฎหมายในส่วนของกระบวนการยุติธรรมทางอาญาเป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพ ทั้งนี้ กำลังเจ้าหน้าที่ได้เดินเข้าวัดเพื่อจับกุมพระธัมมชโย ตกเป็นผู้ต้องหาตามหมายจับร่วมกันฟอกเงินและร่วมกันรับของโจรกรณีรับเช็คบริจาคหลายฉบับของสหกรณ์เครดิตยูเนี่ยนคลองจั่น รวมทั้งถูกหมายจับบุกรุกพื้นที่สวนป่าหิมวันต์ ภูเรือ จ.เลย, บุกรุกพื้นที่ป่าก่อสร้างศูนย์ปฏิบัติธรรม เวิลด์พีซวัลเล่ย์ เขาใหญ่ จ.นครราชสีมา และบุกรุกป่าสงวนโครงการมุกตะวันรุกป่าเกาะยาวน้อย จ.พังงา โดยก่อนหน้านี้ เจ้าหน้าที่ดีเอสไอพร้อมเจ้าหน้าที่ตำรวจ ทหาร พยายามเข้าค้นวัดพระธรรมกายเพื่อจับกุมพระธัมมชโย เมื่อวันที่ 16 มิถุนายน และ 27 ธันวาคม 2559 แต่ประสบความล้มเหลว
ผู้สื่อข่าวรายงานอีกว่า การตรวจค้นรอบที่ 3 เป็นวันที่สองต่อเนื่องจากเมื่อวันที่ 16 กุมภาพันธ์ที่ผ่านมามีการแบ่งพื้นที่ตรวจค้นเป็น 3 ส่วนหลัก ประกอบด้วยโซนเอ ขนาดพื้นที่ 198 ไร่ ตรวจค้นเสร็จสิ้นไปแล้ว ในวันที่สองจะตรวจค้นต่อพื้นที่โซนบี จำนวน 130 ไร่ จำนวน 4 จุด ประกอบด้วย บี 1 อาคารหอฉันคุณยายอาจารย์ฯ บี 2 อาคาร 100 ปี คุณยายอาจารย์ฯ บี 3 อาคารที่พักสงฆ์ และบี 4 อาคารอยู่ระหว่างการก่อสร้าง และโซนซี จำนวน 2,000 ไร่ จำนวน 4 จุด ประกอบด้วย ซี 1 มหาวิหารพระมงคลเทพมุนี ซี 2 มหาวิหารคต อาคารจอดรถและที่จัดเก็บอุปกรณ์เจ้าหน้าที่ รปภ. ซี 3 มหาธรรมกายเจดีย์ และซี 4 อาคารภาวนา 60 ปี
ในการเข้าตรวจค้นครั้งนี้เจ้าหน้าที่อนุญาตให้ผู้สื่อข่าวเข้าไปเก็บภาพได้ โดยได้รับความร่วมมือจากวัดพระธรรมกายเป็นอย่างดี ไม่มีการกีดขวางการทำงานของเจ้าหน้าที่แต่ให้มีการลงทะเบียนพร้อมสวมปลอกแขนเป็นสัญลักษณ์ ขณะที่เจ้าหน้าที่ตำรวจได้นำสุนัขตำรวจจำนวน 10 ตัว มาใช้ปฏิบัติการตามจุดต่างๆ ด้วย
