วันที่ 12 กรกฎาคม ศูนย์ทนายความเพื่อสิทธิมนุษยชน เปิดเผยว่า เมื่อเวลา 14.30 น.ที่ผ่านมา มีทหารจากกรมทหารราบที่ 1 กองพลที่ 1 รักษาพระองค์ และ ตร.สน.สุทธิสาร ขอเข้าตรวจค้นที่ทำการสำนักข่าวประชาไทพร้อมหมายค้น โดยตำรวจได้นำหมายค้นศาลอาญาฯ ในการขอค้นประชาไท ในเอกสารระบุสาเหตุว่าเพื่อค้นหาเอกสารเกี่ยวกับการออกเสียงประชามติโหวตโนร่างรัฐธรรมนูญ
โดยเพจประชาไทเผยแพร่ภาพวิดีโอสัมภาษณ์เจ้าหน้าที่ตำรวจ ซึ่งได้เปิดเผยว่า การตรวจค้นครั้งนี้ เกิดจากเจ้าหน้าที่จับกุมหนึ่งในผู้สื่อข่าวประชาไท ที่ จ.ราชบุรี ซึ่งอาจจะผิด พ.ร.บ.ประชามติ เบื้องต้นการตรวจค้นไม่พบเอกสารที่เกี่ยวข้องหรือว่าเชื่อมโยงกับกรณีที่เกิดขึ้นที่บ้านโป่ง โดยผู้ที่มาตรวจค้นมีเพียงเจ้าหน้าที่ตำรวจ แต่เจ้าหน้าที่ทหารเพียงมาสังเกตการณ์
ทั้งนี้ ประชาไท เป็นหนังสือพิมพ์ออนไลน์ ก่อตั้งเมื่อ พ.ศ.2547 โดย จอน อึ๊งภากรณ์ นำเสนอข่าวสารทั่วไป โดยเฉพาะที่เกี่ยวกับสังคม การเมือง สิทธิมนุษยชน บทสัมภาษณ์และข้อเขียนของนักวิชาการ นักเคลื่อนไหว องค์กรสิทธิ และองค์กรพัฒนาเอกชน มีผู้อำนวยการปัจจุบันคือ จีรนุช เปรมชัยพร บรรณาธิการคือ ชูวัส ฤกษ์ศิริสุข