ตามที่ได้มีการเสนอแนวความคิดจากหลายฝ่ายในการปฏิรูปตำรวจ เช่น คณะกรรมการปฏิรูปประเทศด้านกระบวนการยุติธรรม (ตำรวจ) หรือการสัมมนาทางวิชาการของมหาวิทยาลัยหรือหน่วยงานในกระบวนการยุติธรรม ฯลฯ ซึ่งเสนอว่าสมควรให้อัยการเข้าร่วมการสอบสวนคดีอาญากับพนักงานสอบสวนด้วย เพื่อให้การสอบสวนคดีอาญามีประสิทธิภาพมากยิ่งขึ้น แต่ในข้อเสนอแนะดังกล่าวมิได้เสนอรูปแบบที่เป็นรูปธรรมให้ประชาชนได้ทราบว่าการเข้ากำกับและร่วมสอบสวนดังกล่าวจะกระทำด้วยวิธีการใด และมีปัญหาอุปสรรคข้อขัดข้องในทางปฏิบัติติดตามมาอย่างไรบ้างหรือไม่
อนึ่ง ขณะนี้รัฐธรรมนูญฯ 2560 มาตรา 258 ได้บัญญัติเรื่องการปฏิรูปประเทศด้านกระบวนการ
ยุติธรรมไว้ในข้อ ง. (ด้านกระบวนการยุติธรรม) ว่า “ฯลฯ (2) ปรับปรุงระบบการสอบสวนคดีอาญาให้มีการตรวจสอบและถ่วงดุลระหว่างพนักงานสอบสวนกับพนักงานอัยการอย่างเหมาะสม ฯลฯ”
ความจริงแนวความคิดที่จะให้อัยการเข้ากำกับและร่วมสอบสวนคดีอาญานี้เป็นเรื่องที่เกิดขึ้นมานานแล้ว เพียงแต่ยังมิได้นำเข้าสู่การพิจารณาของคณะรัฐมนตรีอย่างจริงจังเท่านั้นเอง
ปัญหาที่เกิดขึ้นก็เนื่องจากรูปแบบของประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญาของไทยที่ใช้บังคับในปัจจุบันไม่มีบทบัญญัติให้พนักงานอัยการร่วมการสอบสวนคดีอาญากับพนักงานสอบสวน และไม่มีบทบัญญัติให้มีการตรวจสอบถ่วงดุลการสอบสวนคดีอาญาของพนักงานสอบสวนโดยองค์กรอื่นในกระบวนการยุติธรรมไว้เลย ไม่ว่าจะเป็นองค์กรอัยการหรือองค์กรตุลาการ
มาตรการกำกับการสอบสวนตามประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญาของไทยก็มีเพียงการกำกับโดยองค์กรอัยการซึ่งกระทำได้เพียงตรวจสอบกลั่นกรองการสอบสวนของพนักงานสอบสวนเท่านั้น
แต่มิได้มีกฎหมายให้อำนาจอัยการเข้าร่วมการสอบสวนแต่อย่างใด กฎหมายบัญญัติให้การสอบสวนอยู่ในความรับผิดชอบของพนักงานสอบสวนตั้งแต่ต้นจนกระทั่ง “เห็นว่าการสอบสวนเสร็จสิ้นแล้ว” จากนั้นจึงจะสรุปสำนวนเสนอความเห็น เช่น ควรงดการสอบสวน ควรสั่งฟ้องหรือสั่งไม่ฟ้อง (มาตรา 140-142) ไปยังอัยการ ดังนั้น อัยการจะมีบทบาทอำนาจหน้าที่เพียงกลั่นกรองตรวจสอบว่าพยานหลักฐานในสำนวนการสอบสวนครบถ้วนสมบูรณ์พอที่จะสั่งฟ้องหรือสั่งไม่ฟ้องหรือไม่ หากเห็นว่าพยานหลักฐานยังไม่ครบถ้วนสมบูรณ์เพียงพอก็จะใช้อำนาจสำคัญประการเดียวตามมาตรา 143 คือสั่งให้พนักงานสอบสวน ทำการสอบสวนเพิ่มเติมให้ตามประเด็นที่กำหนดหรือส่งพยานคนใดมาให้ซักถามเพื่อสั่งต่อไป แต่อัยการไม่มีอำนาจสอบสวนเพิ่มเติมด้วยตนเองได้แต่อย่างใด
อย่างไรก็ดี การสอบสวนเพิ่มเติมในชั้นอัยการก็มีปัญหาข้อขัดข้องหลายประการ โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ระยะเวลาการขอให้ศาลออกหมายขังผู้ต้องหาระหว่างการสอบสวนนั้นเป็นไปตามมาตรา 87 ซึ่งกำหนดระยะเวลาไม่เกิน 48 วัน หรือ 84 วัน แล้วแต่อัตราโทษ หากสอบสวนแล้วเสร็จและฟ้องไม่ทันกำหนดเวลาดังกล่าวศาลก็จะต้องปล่อยตัวผู้ต้องหาไป ทำให้เกิดความเสียหายแก่คดีเพราะผู้ต้องหามักจะหลบหนีไป ยากแก่การติดตามตัวมาฟ้องต่อไป และระยะเวลา 48 วัน หรือ 84 วันนี้ พนักงานสอบสวนและอัยการใช้ร่วมกัน โดยพนักงานสอบสวนเป็นผู้ใช้ก่อนจนกว่าการสอบสวนจะเสร็จสิ้น ดังนั้น เมื่อพนักงานสอบสวนส่งสำนวนพร้อมด้วยความเห็นมายังอัยการ
ระยะเวลาดังกล่าวก็มักจะเหลือเพียงเล็กน้อย ทำให้การสอบสวนเพิ่มเติมโดยอัยการกระทำไม่ได้ทัน อัยการจึงจำต้องสั่งฟ้องผู้ต้องหาต่อศาลทั้งที่พยานหลักฐานไม่ครบถ้วนสมบูรณ์ ทำให้ผู้ต้องหาตกเป็นจำเลยได้โดยง่าย ไม่เป็นธรรมแก่ผู้ต้องหา และสถิติการยกฟ้องคดีอาญาของไทยจึงค่อนข้างสูงเมื่อเปรียบเทียบกับประเทศต่างๆ
จากปัญหาการสอบสวนนี้เอง เมื่อก่อน พ.ศ.2531 คณะรัฐมนตรีจึงได้มีมติแต่งตั้งคณะกรรมการกฤษฎีกาคณะพิเศษเพื่อให้ทำหน้าที่พิจารณาแก้ไขปรับปรุงประมวลกฎหมายวิธีพิจารณา และใน พ.ศ.2531 คณะกรรมการดังกล่าวได้เสนอร่างพระราชบัญญัติแก้ไขเพิ่มเติมประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญาเฉพาะในส่วนที่เกี่ยวกับการสอบสวนและอำนาจหน้าที่ของพนักงานอัยการเสร็จสิ้นแล้ว โดยได้เสนอมาตรการให้พนักงานอัยการเข้ากำกับและร่วมสอบสวนคดีอาญาด้วยดังนี้คือ
1.อำนาจกำกับทั่วไป (ร่างมาตรา 129 ตรี) เช่น การพิจารณาคำขอของพนักงานสอบสวนที่ขอให้ศาลออกหมายจับ หมายค้น และหมายขัง ฯลฯ มีอำนาจตรวจสำนวนการสอบสวนหรือให้พนักงานสอบสวนส่งสำนวนมาให้ตรวจพิจารณา มีอำนาจเข้าฟังการสอบสวนผู้ต้องหาหรือพยานได้ ให้คำแนะนำพนักงานสอบสวนเกี่ยวกับการสอบสวน ฯลฯ
2.อำนาจร่วมการสอบสวน (ร่างมาตรา 129 จัตวา และมาตรา 129 เบญจ) โดยร่างว่า ในคดีความผิด
ที่มีอัตราโทษจำคุกอย่างสูงตั้งแต่สิบปีขึ้นไป ให้พนักงานอัยการเข้าร่วมกับพนักงานสอบสวนทุกคดี ฯลฯ และในคดีที่มีโทษจำคุกไม่ถึงสิบปี แต่พนักงานอัยการเห็นว่า เป็นคดีสำคัญหรือยุ่งยากซับซ้อน ซึ่งจำเป็นจะต้องร่วมการสอบสวน ก็ให้เสนออธิบดีกรมอัยการ (อัยการสูงสุดในปัจจุบัน) เพื่อพิจารณาอนุมัติในการร่วมการสอบสวน ให้พนักงานอัยการมีอำนาจและหน้าที่เช่นเดียวกับพนักงานสอบสวน
จากนั้นสำนักงานคณะกรรมการกฤษฎีกาได้เสนอร่างกฎหมายดังกล่าวไปยังคณะรัฐมนตรีเพื่อพิจารณา แต่ร่างกฎหมายฉบับนี้ก็มิได้นำเข้าสู่การพิจารณาของคณะรัฐมนตรีจนกระทั่งปัจจุบัน
เมื่อพิจารณาร่างกฎหมายดังกล่าวมีลักษณะคล้ายคลึงกับกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญาของหลายประเทศในภาคพื้นยุโรป รวมทั้งญี่ปุ่นและเกาหลีใต้ที่ให้พนักงานอัยการร่วมการสอบสวนคดีอาญาด้วย แต่การจะนำมาตรการตามร่างกฎหมายฉบับนี้มาใช้ทั้งหมดน่าจะเกิดปัญหาข้อขัดข้องบางประการ กล่าวคือ สำหรับมาตรการกำกับทั่วไป ที่คณะกรรมการกฤษฎีกาเสนอนั้นเป็นมาตรการที่ดี เพราะเป็นการเข้ากำกับดูแลการสอบสวนตั้งแต่เริ่มการสอบสวนทุกระยะ จนกระทั่งพนักงานสอบสวนเห็นว่าการสอบสวนเสร็จสิ้นแล้ว และองค์กรอัยการในปัจจุบันคงสามารถรับได้
ส่วนมาตรการเข้าร่วมการสอบสวนตามร่างมาตรา 129 จัตวา ซึ่ง กำหนดว่าคดีอาญาที่มีอัตราโทษจำคุกตั้งแต่สิบปีขึ้นไป พนักงานอัยการต้องเข้าร่วมสอบสวนทุกคดีนั้น ย่อมเป็นไปได้ยาก เพราะปัจจุบันคดีที่มีอัตราโทษจำคุกอย่างสูงตั้งแต่สิบปีขึ้นไปมีอยู่เป็นจำนวนมาก ขณะที่อัตรากำลังพนักงานอัยการมีอยู่จำนวนจำกัด และต้องปฏิบัติหน้าที่อื่นๆ ซึ่งไม่เกี่ยวข้องกับการดำเนินคดีอาญาโดยตรงด้วย อาทิ การดำเนินคดีแพ่ง คดีปกครอง คดีล้มละลาย คดีภาษีอากร คดีแรงงาน งานตอบข้อหารือทางกฎหมายและตรวจร่างสัญญางานด้านต่างประเทศ งานคุ้มครองสิทธิและช่วยเหลือทางกฎหมายแก่ประชาชน ฯลฯ จึงคงไม่อาจรับภาระหน้าที่นี้ได้อย่างมีประสิทธิภาพ
ดังนั้น จึงมีความเห็นว่าพนักงานอัยการควรเข้าร่วมเฉพาะคดีที่สำคัญหรือยุ่งยากซับซ้อนเท่านั้น
โดยขอเสนอร่างขึ้นใหม่เพื่อให้พิจารณาดังนี้คือ
“คดีที่มีความสำคัญหรือความยุ่งยากซับซ้อนซึ่งจำเป็นต้องเข้าร่วมการสอบสวน ก็ให้พนักงานอัยการเสนออัยการสูงสุดหรือผู้ได้รับมอบหมายเพื่อพิจารณาอนุมัติในการร่วมสอบสวน ให้พนักงานอัยการมีอำนาจและหน้าที่เช่นเดียวกับพนักงานสอบสวน”
ส่วนคดีอาญาอื่นๆ ก็คงให้เป็นอำนาจหน้าที่ของพนักงานสอบสวนที่จะสอบสวนและให้พนักงานอัยการมีอำนาจหน้าที่โดยการตรวจสอบสำนวนการสอบสวนต่อไปเช่นเดิม ทั้งนี้ สมควรแก้ไขปรับปรุงมาตรา 143 (ก) ในประเด็นการสอบสวนเพิ่มเติมชั้นอัยการ ซึ่งเป็นมาตรการกลั่นกรองการสอบสวนที่สำคัญ โดยให้อำนาจอัยการสามารถสอบสวนเพิ่มเติมเองได้ด้วยตามร่างที่เสนอแก้ไขดังนี้
“(ก) สั่งตามที่เห็นควรให้พนักงานสอบสวนดำเนินการสอบสวนเพิ่มเติม ส่งพยานคนใดมาให้ซักถามเพื่อสั่งต่อไป หรือกรณีจำเป็น พนักงานอัยการอาจทำการสอบสวนเพิ่มเติมเองก็ได้ ในกรณีสอบสวนเพิ่มเติมเอง ให้พนักงานอัยการมีอำนาจและหน้าที่เช่นเดียวกับพนักงานสอบสวน”
กล่าวโดยสรุป การปฏิรูปการสอบสวนของตำรวจ คงมิใช่การโอนอำนาจสอบสวนจากสำนักงานตำรวจแห่งชาติไปให้หน่วยงานอื่นปฏิบัติหน้าที่แทนดังที่มีบางฝ่ายเสนอ เพราะมิใช่การแก้ไขปัญหาที่ถูกจุด สำนักงานตำรวจแห่งชาติเป็นองค์กรที่มีความรู้ความเชี่ยวชาญด้านการสืบสวนสอบสวนมาช้านานเป็นที่ยอมรับของต่างประเทศ และมีความพร้อมด้านบุคลากรที่มีคุณภาพ เครื่องมือเครื่องใช้ที่จำเป็นต่อการสอบสวนเพื่อรวบรวมพยานหลักฐาน
ปัญหาสำคัญของการสอบสวนจึงมิใช่อยู่ที่ว่าหน่วยงานใดควรมีอำนาจหน้าที่สอบสวน แต่อยู่ที่มี “การถ่วงดุลตรวจสอบอย่างมีประสิทธิภาพ” หรือไม่
ขณะเดียวกันก็ควรส่งเสริมเพิ่มอัตรากำลังของพนักงานสอบสวน รวมทั้งขวัญและกำลังใจของพนักงานสอบสวน ซึ่งปัจจุบันมีอยู่จำนวนจำกัดยิ่งแต่รับผิดชอบปริมาณงานที่ล้นมือ ส่งผลกระทบต่อคุณภาพและประสิทธิภาพในการปฏิบัติงานเพื่ออำนวยความยุติธรรมแก่ประชาชน
สิ่งต่างๆ เหล่านี้เป็นเรื่องที่จำเป็นและเร่งด่วนที่สมควรแก้ไขปรับปรุงพร้อมกันไปด้วย จึงจะทำให้การสอบสวนคดีอาญาในประเทศไทยมีประสิทธิภาพสมดังเจตนารมณ์ของรัฐธรรมนูญมากยิ่งขึ้น

