ปี 2016 ถือเป็นปีที่ลุ่มแม่น้ำโขงประสบกับภัยแล้งรุนแรงที่สุดครั้งหนึ่งในประวัติศาสตร์ และเป็นภัยแล้งที่ต่อเนื่องมีจากภัยแล้งในปี 2014-2015 โดยความแห้งแล้งนั้นได้คุกคามตั้งแต่เขตต้นน้ำตอนล่าง คือ ช่วงประเทศลาวตอนบนตลอดจนลำน้ำชายแดนไทย-ลาว ลำน้ำส่วนที่เข้าไปในกัมพูชา และบริเวณสามเหลี่ยมปากแม่น้ำโขงของเวียดนามซึ่งประสบภัยแล้งสาหัสที่สุดในรอบ 90 ปี
ภัยแล้งดังกล่าวเป็นผลมาจากการหมุนเวียนของสภาพอากาศจากสายพานกระแสน้ำอุ่นแปซิฟิก (ENSO) ในวงจรรอบของเอลนิโญ (El Nino) ซึ่งทำให้เกิดความแห้งแล้งในภูมิภาค แต่รอบนี้ความแห้งแล้งต่อเนื่องและรุนแรงเป็นพิเศษอาจเป็นเพราะพื้นที่ป่าต้นน้ำถูกทำลายลงมากกว่าที่แล้วมา โดยเฉพาะป่าในเขตต้นน้ำโขงที่ถูกสัมปทานตัดอย่างมาก และป่าบนเกาะสุมาตราที่ถูกทำเป็นไร่ปาล์มน้ำมันหรือยางพารา รวมถึงการสร้างเขื่อนเก็บกักน้ำไว้ที่ต้นน้ำทั้งจีนและลาว ทำให้กระแสน้ำไม่เป็นไปตามฤดูกาลอย่างที่ควรเป็น
ภัยแล้งดังกล่าวทำให้ผลิตผลทางการเกษตรของลุ่มน้ำโขงเสียหายมากกว่า 60% โดยเฉพาะอย่างยิ่งบริเวณดินดอนสามเหลี่ยมปากแม่น้ำโขงทางตอนล่างของเวียดนาม น้ำที่แห้งผิดปกติส่งผลรุนแรงต่อพื้นที่เพาะปลูกกว่า 1.2 ล้านเอเคอร์ และทำให้ประชากรกว่า 1 ล้านคนขาดแคลนน้ำอุปโภคบริโภคที่จะใช้รายวัน เช่นเดียวกับความแห้งแล้งบริเวณตนเลสาปของกัมพูชา ที่ระดับน้ำลดต่ำลงที่สุดในรอบ 60 ปี ทำให้การประมงพื้นบ้านที่เป็นเส้นเลือดหลักของตนเลสาปเหือดแห้งและชาวประมงต้องอพยพถิ่นฐานเข้าเมืองใหญ่เพื่อหางานทำ
เวียดนามจึงเปิดการเจรจาเพื่อให้จีนยอมปล่อยน้ำออกจากเขื่อน ซึ่งประสบความสำเร็จภายหลังจากจีนทางตอนใต้เริ่มมีมรสุมและพายุเข้าเพิ่มเติมน้ำในเขื่อนราวต้นเดือนเมษายน เมื่อจีนปล่อยน้ำโดยขาดการประสานงานที่ชัดเจน ทำให้ชาวบ้านริมฝั่งของลาวและไทยต้องพบกับความเสียหายจากระดับน้ำที่ขึ้นอย่างรวดเร็ว
ภัยแล้งของลุ่มน้ำโขงปีนี้ แม้ว่าจะอาศัยการต่อรองกับจีนเพื่อปล่อยน้ำออกจากเขื่อนมาบรรเทาเป็นการชั่วคราว แต่ยังมีคลื่นความร้อนระดับสาหัสทำลายสถิติเป็นประวัติการณ์ คือความร้อนสูงสุดถึง 44.8 องศาเซลเซียส และความร้อนสูงสุดเฉลี่ยในเดือนเมษายนสูงกว่า 40 องศาเซลเซียส ได้ทำลายพืชผลและปศุสัตว์ รวมถึงก่อให้เกิดไฟป่าขั้นรุนแรงส่งผลต่อสุขภาพและที่อยู่อาศัยของผู้คนในลุ่มน้ำโขงเป็นจำนวนมาก เพราะเพียงใบไม้แห้งที่ร่วงสะสมกันในป่าแล้ง ป่าเบญจพรรณ ป่าเต็งรัง เสียดสีกันในอากาศร้อนจัดก็เพียงพอที่จะทำให้เกิดไฟลุกลามโดยชาวบ้านไม่จำเป็นต้องจุดไฟเผา พืชผลแม้จะเริ่มได้น้ำมาแต่ก็เจอกับความร้อนจนใบร่วง ดอกผลไหม้ยืนต้นตายนับไม่ถ้วน
ผลกระทบทางเศรษฐกิจที่เกิดจากคลื่นความร้อนและภัยแล้งที่ยาวนาน จะเริ่มส่งผลกระทบภายในเดือนพฤษภาคม อันเป็นเดือนเริ่มต้นฤดูกาลหว่านไถและฤดูกาลเปิดเรียน ดังจะเห็นได้จากพ่อแม่ผู้ปกครองไม่ว่าจะเป็นไทย ลาว หรือกัมพูชา ต่างต้องเป็นหนี้สินเพื่อส่งบุตรหลานเข้าเรียน และกู้เงินมาซื้อเมล็ดพันธุ์และเครื่องมือการเกษตรในฤดูกาลใหม่ ซึ่งทบทวีกับหนี้ของฤดูกาลเก่าที่ผลผลิตทางเกษตรล้มเหลว จึงทำให้หนี้สินภาคครัวเรือนของประเทศในลุ่มน้ำโขงทยอยปรับตัวสูงขึ้น ส่งปัจจัยด้านลบกับความเชื่อมั่นผู้บริโภคและเงินทุนหมุนเวียนในระบบเศรษฐกิจ
หากฤดูฝนที่กำลังจะมาถึงเกิดภาวะแล้งหรือฝนทิ้งช่วง หรือแม้แต่การที่สภาพภูมิอากาศโลกกำลังจะเปลี่ยนเป็นภาวะลานิญา (La Nina) ซึ่งจะทำให้ฝนตกหนักและน้ำท่วมรุนแรง หากหน่วยงานภาครัฐไม่ได้เตรียมการช่วยเหลือรองรับ ทั้งโครงสร้างพื้นฐานทางชลประทานที่มีไม่เพียงพอ ก็จะทำให้เกิดหายนะภัยทางเศรษฐกิจซ้ำซ้อนอีกครั้ง
