ศูนย์ศึกษาการพัฒนาเขาหินซ้อนอันเนื่องมาจากพระราชดำริได้รับการสถาปนาจากพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร เมื่อวันที่ 8 สิงหาคม พ.ศ.2522 ในคราวเสด็จพระราชดำเนินมาเปิดศาลพระบวรราชานุสาวรีย์ของพระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัว ณ ตำบลเขาหินซ้อน อำเภอพนมสารคาม จังหวัดฉะเชิงเทรา
ณ ที่นั้น ราษฎร 7 ราย ได้น้อมเกล้าฯ ถวายที่ดิน จำนวน 264 ไร่ เพื่อต้องการให้สร้างพระตำหนัก ด้วยเห็นว่า พระเจ้าอยู่หัวเสด็จไปที่ไหนก็พยายามที่จะพัฒนาทำให้ที่ดินเจริญขึ้น เนื่องจากผืนดินเสื่อมโทรมไม่สามารถทำการเกษตรได้ ต่อมาราษฎรได้น้อมเกล้าฯถวายที่ดินเพิ่มเติมอีก 497 ไร่ ผนวกกับที่ดินบริเวณสวนรุกขชาติและสวนพฤกษศาสตร์ และได้ทรงซื้อที่ดินที่อยู่ติดกับศูนย์ฯ เพิ่มเติม เพื่อจัดทำโครงการพัฒนาส่วนพระองค์เขาหินซ้อน เนื้อที่ 655 ไร่ รวมเนื้อที่ทั้งหมดของศูนย์ 1,895 ไร่ ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯให้ชื่อว่า “ศูนย์ศึกษาการพัฒนาเขาหินซ้อนอันเนื่องมาจากพระราชดำริ” นับเป็นศูนย์ศึกษาการพัฒนาอันเนื่องแต่ก่อนพื้นที่บริเวณนี้มีสภาพเสื่อมโทรม ดินขาดความอุดมสมบูรณ์ เนื้อดินเป็นทราย ไม่อุ้มน้ำ มีการชะล้างการพังทลายของดินสูง ดินรองรับน้ำได้เพียง 30 มิลลิเมตร มีการปลูกพืชชนิดเดียวปลูกพืชไร่ เช่น ข้าวโพด และมันสำปะหลัง ทำให้ดินจืดและกลายเป็นดินทราย มีแร่ธาตุน้อย
กรมพัฒนาที่ดินได้สนองแนวพระราชดำริในหลวง ร.9 ให้พัฒนาดินที่เสื่อมโทรมให้อุดมสมบูรณ์และปลูกพืชทำกินได้ แก้ไขปัญหาดินทรายให้เป็นดินดี จัดสร้างแหล่งกักเก็บน้ำไว้ใช้ในฤดูแล้ง สร้างสภาพป่าและไม้ยืนต้นในบริเวณโครงการและพื้นที่ข้างเคียง เป็นการปรับสภาพแวดล้อมและเพิ่มความชุ่มชื้นให้มากขึ้น สร้างระบบอนุรักษ์ดินและน้ำ มีการปลูกหญ้าแฝก เพื่อป้องกันการชะล้างพังทลายของดินและปรับปรุงบำรุงดินให้อุดมสมบูรณ์ขึ้น จนสามารถปลูกพืช ทำการเกษตรได้จากเดิมที่เป็นพื้นที่ดินทราย เมื่อมีการพัฒนาปรับปรุงบำรุงดินจนมีความอุดมสมบูรณ์ มีป่าไม้ มีแหล่งน้ำที่สร้างความชุ่มชื้นให้ผืนดิน ทำให้พื้นที่นี้สามารถใช้ประโยชน์ในทางการเกษตรได้เป็นอย่างดี
โดยทางศูนย์ฯ มีรูปแบบการบริหารจัดการในลักษณะบูรณาการร่วมกันระหว่างส่วนราชการ โดยมีกรมพัฒนาที่ดิน เป็นหน่วยงานหลักในการประสานการดำเนินงาน มีการศึกษาหาเทคโนโลยีพัฒนาการปลูกพืช เลี้ยงสัตว์ โดยเน้นวิธีการผสมผสานเป็นการรักษาสมดุลธรรมชาติและประหยัด เพื่อเป็นตัวอย่างให้เกษตรกรเข้าศึกษาหาความรู้ นำไปปรับใช้กับพื้นที่ของตนเองได้ ตลอดจนใช้เป็นสถานที่ฝึกอบรมศึกษาดูงานของผู้สนใจทั่วไป อาทิ
– การทำเกษตรทฤษฎีใหม่ ซึ่งเป็นแนวทางการบริหารจัดการที่ดินและน้ำเพื่อการเกษตรให้เกิดประโยชน์สูงสุด
– การผลิตและการใช้ประโยชน์จากปุ๋ยหมัก น้ำหมักชีวภาพ และสารควบคุมแมลงศัตรูพืชจากวัสดุเหลือใช้จากไร่นา เพื่อช่วยลดต้นทุนในการผลิต
– การปลูกข้าวขาวดอกมะลิ 105 ในระบบการเกษตรแบบยั่งยืนในสภาพไร่นา มีการจัดทำแปลงการเรียนรู้ ถ่ายทอดความรู้ด้านการผลิตและการเก็บรักษาเมล็ดพันธุ์ข้าว รวมทั้งส่งเสริมการจัดตั้งโรงสีข้าวชุมชน
– การปลูกยางพาราในพื้นที่ดินทราย
– การปลูกหญ้าแฝกเพื่อการอนุรักษ์ดินและน้ำ โดยส่งเสริมให้เกษตรกรได้เรียนรู้การปลูกและขยายพันธุ์หญ้าแฝก เพื่อป้องกันการชะล้างพังทลายของดินบริเวณริมคลองและลำห้วย
– การปลูกมะนาวนอกฤดูในบ่อซีเมนต์ เป็นต้น
นอกจากนี้ยังมีการดำเนินงานด้านการประมง การเพาะเลี้ยงกบนาในบ่อซีเมนต์และกระชัง , งานด้านปศุสัตว์ การเลี้ยงไก่ไข่พันธุ์เขาหินซ้อน เลี้ยงเป็ดไข่พันธุ์ปากน้ำ ตลอดจนส่งเสริมอาชีพ การจักสานจากเส้นใยพืช การแปรรูปผลผลิตทางการเกษตรและผลิตภัณฑ์สมุนไพร อีกด้วย
