เมื่อเวลา 23.00 น. วันที่ 12 กันยายน นายไพรัตน์ เพชรยวน นายอำเภอบางปะอิน จังหวัดพระนครศรีอยุธยา เปิดเผยว่า เมื่อวันที่ 12 ก.ย. ได้เกิดฝนตกหนักมากในพื้นที่ และตกอย่างต่อเนื่องกว่า 4 ชั่วโมง จนกระทั่งเวลา 22.00 น. ในระหว่างที่ฝนกำลังตกอยู่นั้น ทางนิคมอุตสาหกรรมบ้านหว้า (ไฮเทค) ตั้งอยู่ในเขตตำบลบ้านเลนและตำบลบ้านหว้า ติดถนนสายเอเชีย หลักกิโลเมตรที่ 10 แจ้งด่วนมาว่า มีน้ำฝนรอการระบายในพื้นที่นิคมอุตสาหกรรมจำนวนมาก และในบางโรงงาน ระดับน้ำฝนท่วมบนถนนสูงล้นฟุตปาธ เริ่มจะไหลเข้าไปที่พื้นอาคารฝ่ายผลิตบ้างแล้ว จำเป็นต้องมีการเร่งสูบน้ำฝน ผ่านระบบป้องกันน้ำท่วมและทางระบายน้ำจากนิคมอุตสาหกรรม ด้วยเครื่องสูบน้ำขนาดใหญ่ 5 เครื่อง ลงสู่แม่น้ำเจ้าพระยา ผ่านลำคลองบ้านเลน ซึ่งทั้งหมดอยู่ในแผนเผชิญเหตุ ที่เคยประชุมตกลงร่วมกันไว้
โดยหน่วยงานภาครัฐ รวมถึงกรมชลประทาน ได้เร่งไปเปิดประตูน้ำบ้านเลนใน ที่กั้นลำคลองบ้านเลน จากเดิมยกบ้านประตูน้ำที่ระดับความสูง 50 เซนติเมตร ให้สูงเป็น 120 เซนติเมตร และระบายน้ำด้านในลำคลอง ซึ่งนิคมอุตสาหกรรมสูบทิ้งออกมาจำนวนมาก ลงสู่แม่น้ำเจ้าพระยาได้สำเร็จทันเวลา และเหตุการณ์เข้าสู่ภาวะปกติในเวลาอันรวดเร็ว โดยที่โรงงานต่างๆ ไม่เสียหาย ส่วนชาวบ้านสองฝั่งคลองไม่ได้รับผลกระทบเช่นกัน
