เมื่อวันที่ 13 ธันวาคม พ.ศ. 2562 โรงพยาบาลจอมทอง จังหวัดเชียงใหม่ ออกแถลงการณ์โรงพยาบาลจอมทอง เรื่อง การอาพาธของพระเดชพระคุณพระพรหมมงคล วิ. (หลวงปู่ทอง สิริมงฺคโล) ระบุว่า
ด้วยวันพฤหัสบดีที่ 12 ธันวาคม พ.ศ.2562 เวลา 14.48 น. โรงพยาบาลจอมทองได้รับแจ้งจากวัดพระธาตุศรีจอมทองวรวิหาร ว่าพระเดชพระคุณพระพรหมมงคล วิ. (หลวงปู่ทอง สิริมงฺคโล) มีอาการหายใจเหนื่อยหอบ
เวลา 14.53 น. ทีมแพทย์และพยาบาล โรงพยาบาลจอมทอง ได้เข้าประเมินอาการพระเดชพระคุณพระพรหมมงคล วิ. (หลวงปู่ทอง สิริมงฺคโล) พบว่ามีอาการหายใจเหนื่อย เสียงปอดผิดปกติ ระดับออกซิเจนในเลือดต่ำ จึงได้ถวายการพ่นยาขยายหลอดลม และให้ออกซิเจนพร้อมกับประสานทีมแพทย์ที่โรงพยาบาลจอมทองเพื่อส่งตัวเข้ารับการรักษาอย่างเร่งด่วน
เวลา 15.11 น. รถพยาบาลได้นำพระเดชพระคุณพระพรหมมงคล วิ. (หลวงปู่ทอง สิริมงฺคโล) เข้ารับการรักษาที่ห้องฉุกเฉิน โรงพยาบาลจอมทอง ทีมแพทย์ประเมินอาการซ้ำพบว่า พระเดชพระคุณพระพรหมมงคล วิ. (หลวงปู่ทอง สิริมงฺคโล) มีระดับความรู้สึกตัวลดลงร่วมกับระดับออกซิเจนในเลือดต่ำ มีภาวะการหายใจล้มเหลวและภาวะหัวใจหยุดเต้น จึงได้ใส่ท่อช่วยหายใจ และได้ให้การช่วยฟื้นคืนชีพโดยการกดนวดหัวใจ (CPR) และให้ยาช่วยฟื้นคืนชีพร่วมด้วย
ทีมแพทย์ได้โทรศัพท์ประสานคณะแพทย์โรงพยาบาลมหาราชนครเชียงใหม่ เพื่อช่วยในการวินิจฉัยและให้การรักษารวมทั้งเตรียมรับการส่งต่อ คณะแพทย์โรงพยาบาลมหาราชนครเชียงใหม่ให้ความเห็นในการวินิจฉัยอาการของพระเดชพระคุณพระพรหมมงคล วิ. (หลวงปู่ทอง สิริมงฺคโล) ว่าเข้าได้กับภาวะกล้ามเนื้อหัวใจขาดเลือดเฉียบพลัน ซึ่งทีมแพทย์ผู้รักษาของโรงพยาบาลจอมทองได้ให้การช่วยฟื้นคืนชีพอย่างเต็มความสามารถ รวมระยะเวลาทั้งหมด 68 นาที
เวลา 16.26 น.ทีมแพทย์ผู้ให้การรักษาร่วมกับคณะพระเถรานุเถระในอำเภอจอมทองได้ลงความเห็นร่วมกันในการยุติการช่วยฟื้นคืนชีพแด่พระเดชพระคุณพระพรหมมงคล วิ. (หลวงปู่ทอง สิริมงฺคโล) และได้เคลื่อนย้ายพระเดชพระคุณพระพรหมมงคล วิ. (หลวงปู่ทอง สิริมงฺคโล) เข้ารับการดูแล สังเกตอาการ ที่ห้อง ICU ชั้น 5 อาคารสงฆ์อาพาธ โรงพยาบาลจอมทอง จากนั้น เวลา 23.00 น. ได้เคลื่อนย้ายพระเดชพระคุณพระพรหมมงคล วิ. (หลวงปู่ทอง สิริมงฺคโล) ไปที่วัดพระธาตุศรีจอมทองวรวิหาร เพื่อให้ศิษยานุศิษย์ เข้ากราบนมัสการ
วันศุกร์ที่ 13 ธันวาคม พ.ศ. 2562 พระเดชพระคุณพระพรหมมงคล วิ. (หลวงปู่ทอง สิริมงฺคโล) ได้ถึงแก่มรณภาพ ด้วยภาวะหัวใจล้มเหลวเฉียบพลันจากภาวะกล้ามเนื้อหัวใจขาดเลือด เวลา 00.25 น.
