วันที่ 10 พฤศจิกายน 2560 ผู้สื่อข่าวรายงานว่า ร้านที่ไม่ได้เข้าร่วมโครงการร้านธงฟ้าประชารัฐของรัฐบาลในจังหวัดพะเยา ส่วนหนึ่งได้รับผลกระทบจากโครงการดังกล่าว โดยการเปรียบเทียบยอดขายสินค้าอุปโภคบริโภคก่อนและหลังที่รัฐบาลมีโครงการดังกล่าว พบว่าหลังเปิดโครงการฯ ยอดขายลดลงร้อยละ 10-20 เนื่องจากประชาชนที่มีบัตรผู้มีรายได้น้อยหันไปซื้อสินค้าจากร้านที่เข้าร่วมโครงการเป็นหลัก
ทางด้านร้านค้าที่เข้าร่วมโครงการร้านธงฟ้าประชารัฐของรัฐบาลในพื้นที่จังหวัดพะเยา บางแห่งได้เขียนป้ายประกาศแจ้งประชาชนผู้มีรายได้น้อยเมื่อมาซื้อสินค้าได้รับทราบขั้นตอนการซื้อของและใช้บัตรให้เข้าใจและเพื่อความสะดวกในการใช้บัตร นอกจากนี้ ให้นำบัตรประจำตัวประชาชนมายืนยันพร้อมกับบัตรผู้มีรายได้น้อย เนื่องจากในบางกรณีผู้มีรายได้บางรายไม่สามารถมาซื้อสินค้าในร้านที่เข้าร่วมโครงการด้วยตนเอง เช่น เพื่อนบ้าน หรือสมาชิกในครอบครัวฝากบัตรผู้มีรายได้น้อยมาเท่านั้น ซึ่งเจ้าของร้านเกรงว่าจะมีการนำบัตรผู้มีรายได้น้อยที่ไม่ใช่ของตนเองมาซื้อสินค้า ดังนั้น เพื่อความชัดเจนและป้องกันไม่ให้เจ้าของบัตรผู้มีรายได้น้อยเสียโอกาส ทุกครั้งที่ซื้อสินค้าจึงต้องแนบบัตรประจำตัวประชาชนด้วย ขณะเดียวกันร้านค้าบางแห่งที่เข้าโครงการฯ เปิดกว้างให้ประชาชนผู้มีบัตรรายได้น้อยสามารถซื้อสินค้าได้มากกว่าสินค้าที่ร่วมรายการธงฟ้าฯ ยกเว้นเครื่องดื่มของมึนเมาที่ใช้บัตรผู้มีรายได้น้อยไม่ได้
