พล.ต.อ.สมยศ พุ่มพันธุ์ม่วง นายกสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ เป็นประธานพิธีจับสลากประกบคู่ศึกฟุตบอลช้าง เอฟเอคัพ 2016 รอบ 64 ทีมสุดท้าย ที่โรงแรมดิเอมเมอรัลด์ เมื่อวันที่ 25 พฤษภาคม
โดยรอบ 64 ทีมมี 18 ทีมไทยลีก เริ่มชิงชัยด้วย ร่วมกับ 14 ทีมจากดิวิชั่น 1 และ 31 ทีมจากดิวิชั่น 2 ซึ่งจะยังเป็นในรูปแบบน็อคเอาท์ กำหนดฟาดแข้งวันที่ 15 มิถุนายน สำหรับผลการประกบคู่มีดังนี้
บีอีซี เทโร- พีทีที ระยอง / เลย ซิตี้ – อาร์มี่ฯ / ประจวบ เอฟซี- บางกอก เอฟซี / สมุทรปราการ เอฟซี – ระยอง เอฟซี / จันทบุรี เอฟซี – สิงห์บุรี เอฟซี / ตราด เอฟซี – นครปฐม ยูไนเต็ด / เชียงใหม่ เอฟซี – ปทุมธานี ยูไนเต็ด / บุรีรัมย์ – ม.วงษ์ชวลิตกุล จากถ้วย ข / เชียงราย ยูไนเต็ด – บีบีซียู เอฟซี / อุบล ยูเอ็มที – ปลวกแดง ระยองฯ / หนองบัว พิชญ- อัสสัมชัญ / สงขลา – พัทลุง / แบงค็อก- นครราชสีมา เอฟซี / กระบี่- ราชประชาฯ / สิงห์บุรี – ชลบุรี เอฟซี / ราชบุรี มิตรผล- เกษตรศาสตร์
ที.เอ.เบญจมราชูทิศ – สุพรรณบุรี / ไทยฮอนด้า- พัทยา ยูไนเต็ด / สมุทรสงคราม เอฟซี – ชัยนาท / พานทอง – นรา ยูไนเต็ด / บีซีซี เอฟซี – บางกอกกล๊าส / ม.เกษมบัณฑิต- โอสถสภาฯ / ฉะเชิงเทรา – สุโขทัย / อยุธยา วอริเออร์- เมืองทองฯ / ราชนาวี – การท่าเรือ / เมืองกาญจน์ – ขอนแก่น / นนทบุรี – อ่างทอง / กรุงธนบุรี – สระแก้ว / ขอนแก่น เอฟซี – ศรีสะเกษ เอฟซี / สมุทรสาคร – สุรินทร์ / สีหมอก -พีทียู ปทุมธานี
สำหรับเงินรางวัลฟุตบอล ช้าง เอฟเอคัพ 2016 ทีมชนะเลิศจะได้รับ 5 ล้านบาทพร้อมรับสิทธิเป็นตัวแทนไทย เพลย์ออฟ รอบที่ 2 เอเอฟซี แชมเปี้ยนส์ลีก 2017 ส่วนทีมรองชนะเลิศรับเงิน 1 ล้านบาท
