ดร.องอาจ ก่อสินค้า ประธานบริษัท ไทยพรีเมียร์ลีก จำกัด เป็นประธานในการจับสลากประกบคู่ การแข่งขันฟุตบอล “โตโยต้า ลีก คัพ 2016” รอบเพลย์ออฟ ที่ห้องประชุมศุภชลาศัย สนามกีฬาแห่งชาติ เมื่อวันที่ 28 มกราคม โดยมีนายวุฒิชัย ชัยจิตย์ ผู้อำนวยการกองการแข่งขันกีฬาอาชีพ การกีฬาแห่งประเทศไทย (กกท.) ร่วมด้วย
การแข่งขันในรอบเพลย์ออฟ จะเป็นทีมจาก “เอไอเอส ลีกภูมิภาค” เข้าร่วมแข่งขัน โดยแบ่งออกเป็น 6 โซน คัดเหลือ 26 ทีม แบ่งออกเป็น โซนกรุงเทพฯและปริมณฑล จาก 10 เหลือ 4 ทีม, โซนภาคกลางและตะวันออก จาก 13 เหลือ 6 ทีม, โซนภาคกลางตะวันตก จาก 12 เหลือ 5 ทีม, โซนภาคเหนือ จาก 11 ทีม เหลือ 4 ทีม, โซนภาคตะวันออกเฉียงเหนือ จาก 10 เหลือ 4 ทีม และโซนภาคใต้ จาก 7 ทีม เหลือ 3 ทีม ก่อนที่จะนำไปรวมกับไทยพรีเมียร์ลีก และยามาฮ่า ลีกวัน รวมเป็น 64 ทีมต่อไป
ผลการจับสลาก ดังนี้ โซนกรุงเทพฯ ศุลกากร พบ รังสิต เอฟซี (ผู้ชนะไปพบกับ อัสสัมชัญ ยูไนเต็ด), ทหารบก เอฟซี พบ ลูกพ่อขุน ยูไนเต็ด (ผู้ชนะไปพบกับ ม.เกษมบัณฑิต), ลูกอีสาน เอฟซี พบ ม.นอร์ทกรุงเทพ, ม.เกษตรศาสตร์ พบ บีซีซี เอฟซี / โซนภาคกลางตะวันออก อินเตอร์ พัทยา พบ ปราจีนบุรี ยูไนเต็ด (ผู้ชนะพบ พานทอง เอฟซี), นครนายก เอฟซี พบ สมุทรปราการ เอฟซี, สระบุรี ทีอาร์ยู พบ ฉะเชิงเทรา ไฮ-เทค เอฟซี, ปลวกแดง ระยอง ยูไนเต็ด พบ จันทบุรี เอฟซี, ทีเอ เบญจมราชูทิศ พบ สระแก้ว เอฟซี, ทวีวัฒนา เอฟซี พบ สายมิตรกบินทร์ ยูไนเต็ด
โซนภาคกลางตะวันตก ราชประชา พบ สมุทรสาคร เอฟซี (ผู้ชนะพบ อยุธยา ยูไนเต็ด), โกลเบล็ก ทีดับเบิลยูดี เอฟซี พบ ม.ราชพฤกษ์ (ผู้ชนะพบ กรุงธนบุรี), ธนบุรี ซิตี้ พบ สพล.สมุทรสาคร ยูไนเต็ด, วานา นาวา หัวหิน ซิตี้ พบ สีหมอก เอฟซี, อยุธยา เอฟซี พบ นนทบุรี เอฟซี / โซนภาคเหนือ นครสวรรค์ เอฟซี พบ กำแพงเพชร เอฟซี (ผู้ชนะพบ น่าน เอฟซี), ตาก ซิตี้ พบ ลำพูน วอริเออร์ (ผู้ชนะพบ เพชรบูรณ์ เอฟซี, อุตรดิตถ์ เอฟซี พบ สิงห์บุรี บางระจัน เอฟซี (ผู้ชนะพบ พิษณุโลก เอฟซี 2015), แพร่ ยูไนเต็ด พบ พะเยา เอฟซี
ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ มหาสารคาม เอฟซี พบ กาฬสินธุ์ เอฟซี (ผู้ชนะพบ ยโสธร เอฟซี), สกลนคร เมืองไทย เอฟซี พบ ขอนแก่น เอฟซี (ผู้ชนะพบ มุกดาหาร ลำโขง), ร้อยเอ็ด ยูไนเต็ด พบ เลยซิตี้ อาร์แอร์ไลน์ เอฟซี, หนองบัว พิชญ เอฟซี พบ หนองคาย เอฟที / โซนภาคใต้ พังงา เอฟซี พบ นรา ยูไนเต็ด (ผู้ชนะพบ ระนอง ยูไนเต็ด), สุราษฎร์ เอฟซี พบ ปัตตานี เอฟซี, ยะลา ยูไนเต็ด พบ ภูเก็ต เอฟซี
อนึ่ง ทุกโซนจะเล่นรอบแรก วันที่ 10 กุมภาพันธ์ และรอบสอง วันที่ 17 กุมภาพันธ์ ยกเว้นโซนภาคใต้ ที่จะเล่นรอบแรก 6-7 กุมภาพันธ์ และรอบสอง 10 กุมภาพันธ์