สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ออกประกาศที่ 040/2559 เรื่องการจัดอันดับผลการแข่งขัน ประจำฤดูกาล 2559 ประกาศ ณ วันที่ 14 ตุลาคม โดยระบุว่า
ตามที่ได้มีประกาศสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ฉบับที่ 039/2559 เรื่อง ยุติการแข่งขันกีฬาฟุตบอล ฟุตซอล ฟุตบอลชายหาด ประจำฤดูกาล 2559 โดยให้ยุติการแข่งขันในฤดูกาล 2559 ทั้งหมดทุกรายการที่มีจัดการแข่งขันภายใต้การกำกับดูแลของสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ตามความละเอียดทราบนั้น สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทย โดยมติของสภากรรมการฯ ให้ดำเนินการจัดอันดับผลการแข่งขันประจำฤดูกาล 2559 ดังนี้
1.การแข่งขันฟุตบอล และฟุตซอลลีกอาชีพทุกรายการที่มีการจัดอันดับตารางคะแนนให้จัดอันดับตามตารางคะแนนการแข่งขัน ณ วันที่ 14 ตุลาคม 2559 โดยให้ถือเป็นที่สิ้นสุด และให้นำผลของการจัดอันดับไปใช้ในการแข่งขันฤดูกาล 2560 ต่อไป
2.การแข่งขันฟุตบอลรายการอื่นที่ยังคงรอผลการแข่งขันในระบบแพ้คัดออก และการแข่งขันเพื่อหาผู้ชนะเลิศ ให้ดำเนินการจับสลาก เพื่อจัดอันดับ และให้นำผลของการจัดอันดับ เพื่อไปใช้ในการแข่งขันฤดูกาบ 2560 ต่อไป
“เสี่ยเหน่ง” นายศุภสิน ลีลาฤทธิ์ อุปนายกสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ฝ่ายจัดการแข่งขัน กล่าวเพิ่มเติมว่า ในส่วนของทีมแชมป์, ทีมเลื่อนชั้น และทีมตกชั้น ของการแข่งขันฟุตบอลโตโยต้า ไทยลีก 2016 และยามาฮ่าลีก ดิวิชั่น 1 นั้น จะยึดตามตารางคะแนนสิ้นสุดวันที่ 14 ตุลาคม 2559 ส่วนศึกเอไอเอส ลีภูมิภาค ดิวิชั่น 2 รอบแชมเปี้ยนส์ลีก ที่แข่งขันในรอบรองชนะเลิศนั้น จะใช้การจับสลากหา 3 ทีม เพื่อเลื่อนชั้นขึ้นสู่ดิวิชั่น 1 ฤดูกาล 2017
เช่นเดียวกับฟุตบอลถ้วย 2 รายการคือ โตโยต้า ลีก คัพ 2016 รอบชิงชนะเลิศ จะจับสลากหาทีมตัวแทนไปแข่งขันรายการโตโยต้า แม่โขง คลับ แชมเปี้ยนชิพ และโตโยต้า พรีเมียร์ คัพ ส่วนรายการช้าง เอฟเอ คัพ 2016 รอบรองชนะเลิศ จะจับสลากหาตัวแทนไปเข้าร่วมการแข่งขันถ้วยเอเชียในศึกเอเอฟซี แชมเปี้ยนส์ลีก 2017 รอบเพลย์ออฟ รอบสองต่อไป อย่างไรก็ตามวัน จับสลากหาทีมตัวแทนฟุตบอลถ้วย และดิวิชั่น 2 ต้องรอประชุมเพื่อกำหนดวันต่อไป
ทั้งนี้ สำหรับในการแข่งขันฟุตบอลโตโยต้า ไทยลีก 2016 ตามอันดับตารางคะแนนสิ้นสุด ณ วันที่ 14 ตุลาคม ปรากฏกว่า เอสซีจี เมืองทอง ยูไนเต็ด รั้งอันดับ 1 มี 80 แต้ม และคว้าแชมป์ไปครองเป็นสมัยที่ 4 ขณะที่อันดับ 2 แบงค็อก ยูไนเต็ด 75 แต้ม, อันดับ 3 บางกอกกล๊าส 57 แต้ม, อันดับ 4 บุรีรัมย์ ยูไนเต็ด 55 แต้ม และอันดับ 5 ชลบุรี เอฟซี 51 แต้ม ส่วนทีมตกชั้น 3 ทีม ประกอบด้วย อันดับ 16.อาร์มี่ ยูไนเต็ด 30 แต้ม, อันดับ 17 ชัยนาท ฮอร์นบิล 30 แต้ม และอันดับ 18 บีบีซียู เอฟซี 13 แต้ม
ขณะที่การแข่งขันยามาฮ่าลีก ดิวิชั่น 1 ทีมแชมป์คือ ไทยฮอนด้า มี 52 แต้ม, อันดับ 2 อุบล ยูเอ็มที ยูไนเต็ด 49 แต้ม และอันดับ 3 การท่าเรือ เอฟ.ซี. 47 แต้ม โดยทั้ง 3 ทีมนี้ได้เลื่อนชั้นขึ้นสู่ไทยลีกฤดูกาลหน้า และในฤดูกาลนี้ไม่มีทีมตกชั้นลงไปสู่ดิวิชั่น 2
ด้านการแข่งขันเอไอเอส ลีกภูมิภาค ดิวิชั่น 2 รอบแชมเปี้ยนส์ลีก รอบรองชนะเลิศ มี 4 ทีม ประกอบด้วย ตราด เอฟซี, หนองบัว พิชญ เอฟซี, เกษตรศาสตร์ เอฟซี และสุราษฎร์ธานี เอฟซี จะจับสลากหา 3 ทีมเลื่อนชั้นขึ้นสู่ดิวิชั่น 1 ฤดูกาลหน้า
ส่วนฟุตบอลถ้วย 2 รายการคือ โตโยต้า ลีกคัพ นัดชิงชนะเลิศ ระหว่าง บุรีรัมย์ ยูไนเต็ด พบ เอสซีจี เมืองทอง ยูไนเต็ด จะใช้วิธีการจับสลากหาทีมตัวแทนไปแข่งขันรายการโตโยต้า แม่โขง คลับ แชมเปี้ยนชิพ และโตโยต้า พรีเมียร์ คัพ ส่วนรายการช้าง เอฟเอ คัพ 2016 รอบรองชนะเลิศ มี 4 ทีมคือ ชลบุรี เอฟซี, ชัยนาท ฮอร์นบิล, สุโขทัย เอฟซี และราชบุรี มิตรผล เอฟซี จะจับสลากหาตัวแทนไปเข้าร่วมการแข่งขันถ้วยเอเชียในศึกเอเอฟซี แชมเปี้ยนส์ลีก 2017 รอบเพลย์ออฟ รอบสองต่อไป
