ปัญหาการแย่งสิทธิ์ทำทีมเพื่อเข้าร่วมการแข่งขันฟุตบอลไทยลีก ระหว่าง บริษัท สโมสรฟุตบอลศรีสะเกษ จำกัด (ศรีสะเกษ) กับ บริษัท อีสาน ยูไนเต็ด จำกัด (อีสาน ยูไนเต็ด) เป็นข้อพิพาทกันตั้งแต่ปี พ.ศ.2556 โดยสมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ ซึ่งมี “บังยี” นายวรวีร์ มะกูดี เป็นนายกสมาคมฯ สมัยนั้น ได้ให้สิทธิกับศรีสะเกษ ทำให้ อีสาน ยูไนเต็ด ยื่นเรื่องฟ้องร้องต่อศาลปกครองอุบลราชธานี โดยมีสมาคมฟุตบอลฯ เป็นผู้ถูกฟ้อง และ ธเนศ เครือรัตน์ ประธานสโมสรศรีสะเกษ เป็นผู้ร้องสอด เรื่องคดีพิพาทเกี่ยวกับการที่หน่วยงานทางปกครองกระทำการโดยไม่ชอบด้วยกฎหมายและกระทำละเมิดอันเกิดจากการใช้อำนาจตามกฎหมายนั้น
ล่าสุด ศาลปกครองอุบลราชธานี มีคำพิพากษาให้เพิกถอนมติหรือคำสั่งของผู้ถูกฟ้องคดี (สมาคมกีฬาฟุตบอลฯ) ทำให้สิทธิการทำทีมกลับไปอยู่กับอีสาน ยูไนเต็ด โดยมีนายสมบัติ เกียรติสุรนนท์, นายสรศาสตร์ ศรีธัญรัตน์ และนายธเนศ ร่วมกันบริหารสโมสรฯ ตามใบอนุญาตการเข้าร่วมการแข่งขันฟุตบอลไทยพรีเมียร์ลีก ในฤดูกาล 2556 ทั้งนี้จนกว่าผู้ถูกฟ้องคดีจะวินิจฉัยชี้ขาดเป็นอย่างอื่น โดยให้มีผลนับตั้งแต่วันที่คำพิพากษาถึงที่สุดเป็นต้นไป และให้สมาคมกีฬาฟุตบอลฯ ชำระค่าสินไหมทดแทนให้แก่ผู้ฟ้องคดีเป็นเงินทั้งสิ้น 18,482,162.61 บาท พร้อมดอกเบี้ยในอัตราร้อยละ 7.5 ต่อปีของเงินต้นดังกล่าว นับตั้งแต่วันที่ 28 กุมภาพันธ์ 2556 ซึ่งเป็นวันถัดจากวันฟ้องจนกว่าจะชำระเสร็จแก่ผู้ฟ้องคดี โดยให้ชำระให้แล้วเสร็จภายใน 60 วัน นับแต่วันที่คดีถึงที่สุด
นายธเนศ เครือรัตน์ ประธานสโมสรศรีสะเกษ เผยว่าคำสั่งของศาลฯ ค่อนข้างกำกวม โดยเฉพาะการสั่งให้นายสมบัติ เกียรติสุรนนท์, นายสรศาสตร์ ศรีธัญรัตน์ และตนเอง กลับมาบริหารทีมร่วมกัน ซึ่งเป็นไปไม่ได้ เพราะ 2 รายแรกไม่ได้บริหารทีมตั้งแต่ก่อนเกิดปัญหาแล้ว ซึ่งจะยื่นอุทธรณ์ตามสิทธิ์ เพราะมีหลักฐานมากพอที่จะชี้ว่าศรีสะเกษมีสิทธิทำทีมอย่างถูกต้อง ซึ่งแม้ว่าศาลปกครองอุบลราชธานีจะมีคำสั่งดังกล่าวออกมา แต่ก็จะเตรียมทีมเพื่อสู้ศึกฤดูกาล 2017 ต่อไปเหมือนเดิม จนกว่าคดีจะเป็นที่สิ้นสุด
ด้าน “เฮียติ่ง” นายชัยกร ชัยมงคลยศ อดีตผู้จัดการทีมอีสาน ยูไนเต็ด กล่าวว่ารู้สึกดีใจที่ชนะคดี เพราะเป็นการแสดงให้เห็นว่าจุดยืนของอีสาน ยูไนเต็ด ที่พยายามต่อสู้มาโดยตลอดเป็นเรื่องที่ถูกต้อง ทั้งนี้ บ.อีสานฯ จะหารือกันอีกครั้งว่าจะดำเนินการอย่างไรต่อถึงการบริหารทีม
ขณะที่พาทิศ ศุภะพงษ์ รองเลขาธิการสมาคมฯ และโฆษกสมาคมฯ เปิดเผยว่าเรื่องดังกล่าวได้ส่งให้ฝ่ายกฎหมายของสมาคมฯ ตีความและให้คำแนะนำกลับมา ดังนั้นจึงยังบอกอะไรไม่ได้ ซึ่งคงต้องรอให้ “บิ๊กอ๊อด” พล.ต.อ.สมยศ พุ่มพันธ์ม่วง นายกสมาคมกีฬาฟุตบอลฯ เดินทางกลับมาจากต่างประเทศก่อน อย่างไรก็ตามสมาคมฯ ยังมีสิทธิ์ยื่นอุทธรณ์ ซึ่งต้องหารือกันอีกครั้ง
