นายศุภสิน ลีลาฤทธิ์ อุปนายกสมาคมฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ และ พล.ต.ท.บริหาร เสี่ยงอารมณ์ ประธานเจ้าหน้าที่บริหาร บริษัท พรีเมียร์ลีก (ไทยแลนด์) จำกัด เป็นประธานในการจับสลากประกบคู่ฟุตบอล “โตโยต้า ลีกคัพ 2016” รอบคัดเลือก เมื่อวันที่ 18 มีนาคม ที่โรงแรม ดิ เอมเมอรัลด์ โดยมีทีมจากดิวิชั่น 75 ทีม คัดเอา 30 ทีมไปเล่นรอบแรก หรือ 64 ทีมสุดท้าย ร่วมกับโตโยต้า ไทยลีก 18 ทีม ยามาฮ่าลีกวัน 16 ทีม โดยรอบคัดเลือก รอบแรกจะแข่งขันวันที่ 23 มีนาคม รอบสอง วันที่ 30 มีนาคม
ผลการประกบคู่ ดังนี้
โซนภาคกลาง 7 ทีม เข้ารอบ 3 ทีม
อุทัยธานี ฟอเรสต์ พบ นครสวรรค์ เอฟซี ผู้ชนะเข้าไปพบ สิงห์บุรี บางระจัน เอฟซี
อยุธยา ยูไนเต็ด พบ สระบุรี พีอาร์ยูเอฟซี
พานทอง เอฟซี พบ อยุธยา วอร์ริเออร์
โซนภาคตะวันออก 11 ทีม เข้ารอบ 4 ทีม
ฉะเชิงเทรา ไฮเทค เอฟซี พบ นครนายก เอฟซี ผู้ชนะเข้าไปพบ สมุทรปราการ เอฟซี
ปลวกแดง ระยอง เอฟซี พบ สายมิตร กบินทร์บุรี ยูไนเต็ด ผู้ชนะเข้าไปพบ นาวิกโยธิน ยูเรก้า เอฟซี
พัทยา ซิติ้ พบ สระแก้ว เอฟซี ผู้ชนะเข้าไปพบ ที.เอ. เบญจมราชูทิศ
ปราจีนบุรี ยูไนเต็ด พบ จันทบุรี เอฟซี
โซนภาคใต้ 9 ทีม เข้ารอบ 4 ทีม
ภูเก็ต เอฟซี พบ ระนอง ยูไนเต็ด ผู้ชนะเข้าไปพบ สุราษฏร์ เอฟซี
ยะลา ยูไนเต็ด พบ พัทลุง เอฟซี
พังงา เอฟซี พบ ปัตตานี
คาเด็นซ่า สตูล ยูไนเต็ด พบ นรา ยูไนเต็ด
โซนกรุงเทพและปริมณฑล 7 ทีม เข้ารอบ 3 ทีม
โดม เอฟซี พบ บีซีซี เอฟซี ผู้ชนะไปพบกับ เกร็กคู ลูกทัพฟ้า
รังสิต เอฟซี พบ ทหารบก เอฟซี
ม .นอร์ธกรุงเทพ พบ ม. เกษตรศาสตร์
โซนกรุงเทพตะวันออก 11 ทีม เข้ารอบ 3 ทีม
ศุลกากร ยูไนเต็ด พบ สินธนา กบินทร์บุรี เอฟซี ผู้ชนะจะไปพบผู้ชนะระหว่าง ม.เกษมบัณฑิต พบ สมุทรปราการ ยูไนเต็ด
พัทยา เอฟซี พบ ลูกอีสาน เอฟซี) ผู้ชนะจะไปพบกับ บ้านบึง ยูไนเต็ด
ราชประชา พบ อินเตอร์ พัทยา ผู้ชนะจะไปพบผู้ชนะระหว่าง กองเรือ ยุทธการ พบ ปทุมธานี ยูไนเต็ด
โซนตะวันตก 9 ทีม เข้ารอบ 4 ทีม
ธนบุรี ซิติ้ พบ บีทียู ส.บุญมีฤทธิ์ ยูไนเต็ด ผู้ชนะจะเข้าไปพบกับ สีหมอก เอฟซี
อัสสัมชัญ ยูไนเต็ด พบ สพล. สมุทรสาคร
เมืองกาญจน์ ยูไนเต็ด พบ กรุงธนบุรี เอฟซี
สมุทรสาคร เอฟซี พบ นนทบุรี เอฟซี
โซนตะวันออกเฉียงเหนือ 10 ทีม เข้ารอบ 5 ทีม
อุบลราชธานี เอฟซี พบ ขอนแก่น เอฟซี
สกลนคร เมืองไทย เอฟซี พบ หนองคาย เอฟที
ยโสธร เอฟซี พบ มุกดาหาร ลำโขง
ศรีสะเกษ ยูไนเต็ด พบ กาฬสินธุ์ เอฟซี
ร้อยเอ็ด ยูไนเต็ด พบ สุรินทร์ ซิติ้
โซนเหนือ 11 ทีม เข้ารอบ 4 ทีม
พะเยา เอฟซี พบ หนองบัว พิชญ์ เอฟซี ผู้ชนะจะเข้าไปพบ แพร่ ยูไนเต็ด
(น่าน เอฟซี พบ ตาก ซิติ้ ผู้ชนะจะเข้าไปพบ อุตรดิตถ์ เอฟซี
เพชรบูรณ์ เอฟซี พบ พิษณุโลก เอฟซี ผู้ชนะจะเข้าไปพบ ลำพูน วอร์ริเออร์
กำแพงเพชร เอฟซี พบ เลย ซิติ้ อาร์ แอร์ไลน์
