เมื่อวันที่ 22 พฤษภาคม ที่ห้องประชุมชั้น 24 อาคารเฉลิมพระเกียรติ การกีฬาแห่งประเทศไทย (กกท.) มีการจับสลากประกบคู่ ฟุตบอลโตโยต้า ลีกคัพ รอบ 32 ทีมสุดท้าย โดยในรอบนี้มี 18 ทีมจากโตโยต้า ไทยลีก เข้าร่วมแข่งขันด้วยเป็นครั้งแรก พร้อมกับ 14 ทีมที่มาจากรอบคัดเลือก โดยได้สิทธิ์เป็นเจ้าบ้านทั้งหมด ร่วมกับ 2 ทีมจากลีกสูงสุด ที่โชคดีจากการจับสลาก ได้แก่ การท่าเรือ เอฟซี และ พีที ประจวบ เอฟซี
สรุปผลการจับสลากประกบคู่ทั้งหมด มีดังนี้ (16คู่)
หนอง บัวพิชญ เอฟซี – อุบล ยูเอ็มที ยูไนเต็ด
การท่าเรือ เอฟซี – สุโขทัย เอฟซี
แกรนด์อันดามัน ระนอง ยูไนเต็ด – ราชบุรี มิตรผล เอฟซี
ตราด เอฟซี – บีจีเอฟซี
อุดรธานี เอฟซี – เอสซีจี เมืองทอง ยูไนเต็ด
ขอนแก่น เอฟซี – ชลบุรี เอฟซี
พีที ประจวบ เอฟซี – สุพรรณบุรี เอฟซี
ไทยยูเนียน สมุทรสาคร เอฟซี – ทรู แบงค็อก ยูไนเต็ด
ตรัง เอฟซี – ชัยนาท ฮอร์นบิล
ศรีสะเกษ เอฟซี – นครราชสีมา เอฟซี
อาร์มี่ ยูไนเต็ด – สิงห์ เชียงรายฯ
เกษตรศาสตร์ เอฟซี – แอร์ฟอร์ซ เซ็นทรัล เอฟซี
ระยอง เอฟซี – พัทยา ยูไนเต็ด
กระบี่ เอฟซี – โปลิศ เทโร เอฟซี
ลำปาง เอฟซี – บุรีรัมย์ ยูไนเต็ด
นครปฐม ยูไนเต็ด – ราชนาวี เอฟซี
สำหรับรอบ 32 ทีมสุดท้ายนี้ จะแข่งขันวันที่ 13 มิถุนายน 2018 ในระบบน็อคเอาท์ โดยทีมแชมป์ นอกจากได้สิทธิ์เข้าแข่งขัน โตโยต้า พรีเมียร์คัพ ยังได้ไปเล่นฟุตบอลโตโยต้า แม่โขงคลับ แชมเปี้ยนชิพ
